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Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Car05g00833 GCCTTCTCTCTCCTCATCTCCTTTCTCGCTCTAAATTCTCCTCCACCATGCCTCTCAACTTTCACTCTCAGTCCCTCTGATTCACCGGCGCCACTCTTGCCCCACCGGAAAATCGTTCTTCTTTTGGTTTGTTGGTGTTCATTTATATTTCTTTTTCTTGAGTTTTCTTACTGGAATGTTTTGATTTTTGTAGTTGCCGTTTGTATTCTGTTTAGTTCGTCGTCTCTTGGCTCGTTTATTGTTGTTCTTCTTTGCCCTATTTATGTGAGTGGAGATCGAGGAATTTGTGAGTATGTGGGGTTAAATGAGATGAAATTTGTTGACTGTGATGCTACTGGTTGGAGAAACATGTCTACCTCTAGACCTAGTCAGTCTTCTAGCAACTCTGGGCGGTCCAGACATAGCACTAGAATTATTGCTCAAACATCTGTTGATGCAAAGCTGCAAGCTGATTTTGAGGAATCTGGGAATTCGTTCGACTACTCAAGTTCAGTGCGTGTCACTAGTGATGTTAGCGGAGATCAACAGCCTAGGTCAGACAAAGTTACTACAGCTTATCTCCATCATATTCAGAAAGGCAAACTTATCCAACCATTTGGTTGCTTGTTGGCCTTAGATGACAAAACATTCAAGGTTATTGCGTATAGTGAAAATGCCCCTGAAATGTTGACCATGGTTAGCCATGCTGTCCCAAGCATGGGGGATTACCCTGTTCTTGGCATTGGCACAGATGTAAGGACTATTTTCACCGCACCTAGTGCTTCTGCACTGTTGAAGGCTTTGGGCTTTGGAGAGGTTACACTTCTTAATCCTATCCTGGTGCATTGCAAGACTTCTGGAAAACCCTTCTATGCAATTGTTCATCGTGTTACTGGAAGCTTAATCATTGACTTTGAGCCTGTGAAGCCTTATGAAGGTCCAGTGACTGCAGCTGGAGCTCTACAATCATATAAACTTGCCGCCAAAGCGATTACTAGATTGCAGTCTTTGCCTAGTGGAAGCATGGCTAGGCTTTGTGACACAATGGTTCAAGAAGTTTTTGAACTAACAGGTTATGATCGAGTTATGGCTTATAAATTCCATGATGATGATCACGGGGAAGTGATCTCTGAAGTCACAAAGCCCGGCCTTCAGCCATATCTTGGTTTGCATTATCCAGCAACTGACATTCCTCAAGCTGCACGTTTTTTGTTCATGAAAAATAAGGTCCGGATGATTGTTGATTGTCGTGCAAAACATTTAAAAGTACTCCAAGATGAGAAATTACAGTTTGATCTAACTTTATGTGGTTCAACTTTAAGAGCTCCACACAGTTGCCATTTACAGTATATGGAAAACATGAACTCTATAGCCTCTTTGGTTATGGCAGTTGTGGTTAATGAAGGGGATGAAGAAAATGAAGGCCCTGCTTTGCAGCAACAAAAGAGAAAGAGATTATGGGGCTTGGTAGTATGTCATAATTCAAGTCCCAGATTTGTTCCGTTTCCTCTTAGGTATGCTTGTGAGTTCCTAGCTCAAGTATTTGCTATTCATGTGAACAAGGAATTAGAGTTGGAAAATCAAATTATAGAAAAGAATATTCTGCGTACGCAGACACTCTTGTGCGACATGCTAATGCGTGATGCTCCTTTAGGTATTGTGTCAAGGAGTCCTAACATAATGGATCTTGTCAAATCTGATGGGGCTGCCTTGTTATATAAGAAAAAAATTTGGCGATTAGGATTGACTCCTAATGACTTCCAGTTGCTGGACATAGCTTCGTGGCTTTCCGAGTATCATATGGATTCAACGGGGTTGAGTACTGATAGTTTGTATGATGCTGGATACCCTGGAGCTATTGCTTTAGGTGATGAAGTGTGTGGGATGGCAGCTGTGAGGATAACTAATAATGACATGATTTTTTGGTTTCGATCTCACACTGCTTCAGAGATTCGATGGGGTGGAGCAAAGCATGAACATGGTCAAAAGGATGATGCCAGAAAAATGCATCCAAGATCATCTTTCAAGGCTTTCCTTGAAGTAGTCAAGACAAGAAGTTTGCCCTGGAAGGACTATGAGATGGATGCAATCCACTCTTTACAACTTATCCTTAGAAATACTTTTAAGGATACAGATGCAACTGAAATAAATAGAAAATCAATTCAAACAACACTTGGTGACCTAAAAATTGAAGGGAGGCAAGAATTGGAATCAGTAACAAGTGAGATGGTCCGGTTAATCGAGACAGCTACTGTGCCGATTTTAGCTGTTGATTTAGATGGGTTAATTAATGGGTGGAATACAAAAATTGCTGAATTGACTGGACTGCCTGTGGATAAAGCTATCGGCAAGCATTTACTTACGTTAGTGGAAGATTCATCTGTAGAAGTTGTCAGGAAGATGTTGTTCTTGGCATTGCAAGGACAAGAAGAGCAAAACGTTCAATTTGAGATCAAGACACACGGTTCTCACATTGAGGTTGGCTCCATCAGCCTAGTTGTAAATGCTTGTGCAAGTAGGGACTTGCGTGAAAATGTCGTGGGTGTGTGTTTTGTAGCACAAGATATCACTGGTCAGAAGATGGTAATGGACAAGTTCACTCGTTTAGAAGGCGATTACAAAGCCATTGTACAAAATCCCAATCCATTGATCCCTCCAATATTTGGATCAGATGAATTTGGATGGTGCTCAGAGTGGAATCCTGCAATGGCGAAATTAACTGGGTGGTCACGTGAAGAAGTAATTGATAAGATGCTTTTGGGAGAGGTTTTTGGTGTTCACAAATCATGTTGTCGTTTAAAGAATCAAGAAGCTTTTGTTAATCTTGGGATTGTCTTGAACAATGCCATGTGTGGTCAAGATCCTGAAAAGGCTTCCTTTGGTTTCTTAGCTCGGAACGGGATGTACGTGGAATGTCTTCTATGTGTCAATAAGATCTTGGACAAAGATGGTGCGGTTACAGGGTTCTTTTGCTTTTTGCAGCTTCCTAGTCATGAGTTGCAACAAGCACTAAATATCCAACGCTTATGTGAGCAAACTGCATTGAAGAGATTGAGAGCATTGGGATACATAAAAAGACAGATACAAAATCCTCTTTCTGGGATAATCTTTTCAAGAAGATTATTGGAGCGCACCGAGTTGGGAGTAGAACAAAAAGAACTTCTGCGTACTAGCGGACTCTGTCAAAAGCAGATCTCCAAGGTTCTCGATGAGTCGGACATCGATAAAATTATTGATGGGATAACATATGCTGGAGGAGGTATACCGGAGTCGTTGCTGAACGAGATGTTTGGAAGTGAGGAGGATGCGTCCGAAGAGGGTTTCAGTCTGCTCATCAGTAGAAAGCTGGTGAAGCTGATGAACGGAGATGTACGATATATGAGGGAAGCCGGGAAGTCGAGCTTCATCATAACTGTCGAGCTTGCTGCAGCTCACAAGTCAAGGACAACGTAG 3432 41.81 AFSLLISFLALNSPPPCLSTFTLSPSDSPAPLLPHRKIVLLLVCWCSFIFLFLEFSYWNVLIFVVAVCILFSSSSLGSFIVVLLCPIYVSGDRGICEYVGLNEMKFVDCDATGWRNMSTSRPSQSSSNSGRSRHSTRIIAQTSVDAKLQADFEESGNSFDYSSSVRVTSDVSGDQQPRSDKVTTAYLHHIQKGKLIQPFGCLLALDDKTFKVIAYSENAPEMLTMVSHAVPSMGDYPVLGIGTDVRTIFTAPSASALLKALGFGEVTLLNPILVHCKTSGKPFYAIVHRVTGSLIIDFEPVKPYEGPVTAAGALQSYKLAAKAITRLQSLPSGSMARLCDTMVQEVFELTGYDRVMAYKFHDDDHGEVISEVTKPGLQPYLGLHYPATDIPQAARFLFMKNKVRMIVDCRAKHLKVLQDEKLQFDLTLCGSTLRAPHSCHLQYMENMNSIASLVMAVVVNEGDEENEGPALQQQKRKRLWGLVVCHNSSPRFVPFPLRYACEFLAQVFAIHVNKELELENQIIEKNILRTQTLLCDMLMRDAPLGIVSRSPNIMDLVKSDGAALLYKKKIWRLGLTPNDFQLLDIASWLSEYHMDSTGLSTDSLYDAGYPGAIALGDEVCGMAAVRITNNDMIFWFRSHTASEIRWGGAKHEHGQKDDARKMHPRSSFKAFLEVVKTRSLPWKDYEMDAIHSLQLILRNTFKDTDATEINRKSIQTTLGDLKIEGRQELESVTSEMVRLIETATVPILAVDLDGLINGWNTKIAELTGLPVDKAIGKHLLTLVEDSSVEVVRKMLFLALQGQEEQNVQFEIKTHGSHIEVGSISLVVNACASRDLRENVVGVCFVAQDITGQKMVMDKFTRLEGDYKAIVQNPNPLIPPIFGSDEFGWCSEWNPAMAKLTGWSREEVIDKMLLGEVFGVHKSCCRLKNQEAFVNLGIVLNNAMCGQDPEKASFGFLARNGMYVECLLCVNKILDKDGAVTGFFCFLQLPSHELQQALNIQRLCEQTALKRLRALGYIKRQIQNPLSGIIFSRRLLERTELGVEQKELLRTSGLCQKQISKVLDESDIDKIIDGITYAGGGIPESLLNEMFGSEEDASEEGFSLLISRKLVKLMNGDVRYMREAGKSSFIITVELAAAHKSRTT 1143
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
5 8212317 8217633 - Carg21906-RA Car05g00833 149219
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Car05g00833 1143 ProSitePatterns Phytochrome chromophore attachment site signature. 434 443 IPR013516 -
Car05g00833 1143 ProSiteProfiles PAS repeat profile. 865 917 IPR000014 -
Car05g00833 1143 ProSiteProfiles PAS repeat profile. 732 802 IPR000014 -
Car05g00833 1143 ProSiteProfiles Phytochrome chromophore attachment site domain profile. 334 506 IPR016132 -
Car05g00833 1143 Pfam Phytochrome region 529 703 IPR013515 GO:0006355|GO:0009584
Car05g00833 1143 Pfam PAS fold 735 849 IPR013767 GO:0006355
Car05g00833 1143 Pfam PAS fold 865 987 IPR013767 GO:0006355
Car05g00833 1143 Pfam PAS fold 185 301 IPR013654 GO:0006355
Car05g00833 1143 Pfam GAF domain 335 516 IPR003018 GO:0005515
Car05g00833 1143 Coils Coil 513 533 - -
       

Duplication type information

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Car05g00833 Car-Chr5:8212317 Car19g00664 Car-Chr19:7904045 1.82E-11 dispersed
Car12g00675 Car-Chr12:4646763 Car05g00833 Car-Chr5:8212317 4.64E-25 wgd
Car12g00675 Car-Chr12:4646763 Car05g00833 Car-Chr5:8212317 4.64E-25 wgd
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Car05g00833 K12120 - csv:101208491 1796.17