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Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Cme05g01066 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ATTGAGTGAGGTTTTAGCTGCTCTTGGAATTGATTACTTCGATCATGTGCTTCCGGATATTATTAGAAACTGTTCTCATCAGAGAGCACCTGTCCGTGATGGATATTTAACACTTTTCAAGTATTTGCCAAGGTCATTGGGTGTTCAGTTCCAGAACTATTTGCAGCAGGTGTTGCCTGCAATTCTTGACGGTCTTGCTGATGAGAACGAATCTGTCCGGGATGCGGCATTAGGTGCTGGGCATGTTCTAGTCGAACATTATGCAGCCACATCATTACCACTTCTCCTCCCTGCTGTGGAAGATGGTATTTTCAATGACAGCTGGCGTATTCGACAGAGTTCAGTAGAACTGTTGGGTGATCTCTTATTTAAGGTTGCTGGAACTTCTGGAAAAGCATTGCTTGAGGGTGGTAGTGATGATGAAGGTTCTAGCACTGAAGCCCATGGACGTGCTATTATTGAAGTTCTTGGTCGGGAAAAGCGGGATGAAATACTTTCTGCCCTATATATGGTTAGAACTGACGTGAGCATTTCAGTTCGACAGGCTGCTTTGCATGTTTGGAAAACTATAGTCGCAAATACTCCAAAGACTCTGAAGGAAATAATGCCAGTTTTAATGAATACTCTAATTTCTTCTCTAGCTTCATTATCTTCTGAGAGGCGACAGGTTGCTGGACGAGCATTGGGTGAGCTTGTGAGAAAGCTTGGAGAAAGAGTACTACCATTGATCATTCCTATACTATCTCAAGGCCTGAAAGATGCCAACGCTAGCAGAAGACAAGGGGTTTGCATTGGGCTCAGTGAAGTGATGACAAGTGCTGGTAAAAGTCAGTTATTGAGCTTTATGGATGAGCTTATCCCTACCATACGAACAGCCCTTTGTGATAGCATGCCGGAGGTTCGTGAGTCTGCAGGCTTAGCATTTAGCACTCTTTATAAGAGTGCTGGAATGCAAGCAATTGATGAAATCATTCCTACTCTCCTACATGCATTGGAAGATGAGGATACATCGGACACTGCCCTTGATGGTCTTAAACAAATCTTGAGCGTGAGAACAACAGCTGTTCTGCCACATATATTGCCAAAGCTGGTTCATACTCCTCTTTCTGCCTTCAATGCACATGCTCTTGGAGCCTTGGCAGAGGTTGCTGGTCCAAGTTTATACGTCCACCTTGGTACTGTCCTTCCTGCTTTACTCTCAGCAATGGGCGGTGATGATGAAGAAGTTCAGAATTTGGCAAAGGAAGCTGCAGAAACGGTGGTGCTGGTTATAGATGAAGATGGTGTTGAATTTCTAATCTCTGAACTGCTTAAAGGTGTCAGTGATAATCAGGCCGCTATCAGACGAAGTTCTTCTTATTTGATAGGATACTTCTTCAAAAATAGCAAATTGTATTTGGTTGATGAAGCTCCAAACTTGATATCGACCTTGATTGTCTTGCTCAGTGATTCAGATTCAGCCACCGTTGTGGTTGCTTGGGAAGCCTTATCAAGGGTTGTTAGTTCTATCCCGAAGGAGATACTTCCTTCTTATATTAAACTCGTGCGTGATGCTGTATCTACATCAAGAGATAAAGAGCGAAGGAAAAGAAAGGGAGGAGCTATTCTAATACCTGGGTTATGTCTCCCTAAAGCTCTCCAGCCTTTGCTTCCAATATTTCTTCAGGGCTTAATTAGTGGATCTGCTGAAACAAGAGAGCAGGCAGCTTTGGGCCTTGGTGAGCTGATTGAAATGACTAGTGAACAAGCCTTGAAGGAGTTTGTCATCCAAATAACTGGGCCTCTTATTCGGATTATAGGGGATCGCTTTCCATGGCAGGTGAAGAGTGCCATTCTATCTACTTTGAGCATTATAATTAGAAAGGGTGGAATGGCTTTAAAACCTTTTCTTCCTCAACTACAAACCACGTTTATTAAGTGTCTGCAAGATAATACAAGGACTGTCCGATCAAGTGCTGCACTTGCTCTTGGAAAGCTAAGTGCTCTTAGCACTAGGATTGATCCATTGGTTGGTGACCTGCTTTCCAGTTTACAGGCATCTGATGGTGGTATTCGCGAGGCAATCTTGACTGCCTTAAAAGGTGTCATGAAGCATGCTGGGAAGACTGTAAGTAGTGGAGTGAGAACTCGTGTCTATACTCTTTTAAAGGATTTGATTAAACATGAAGATGACCAAGTTCGCATATCGGCTGCGAGTATTTTGGGTATTATATCTCAGTACTTGGAGGATGATGAACTGACCGGCCTGCTTGAGGAACTCATAAACATGGCCTCTTCTAGTTGGCATTCTAGACATGGATCGATGCTGACTATTTCATCCATTCTTAGGCACAAACCTTCTGCCGTTTGTCAGTTTGCTATGTTGTCATCTATTTTGGGTTGTCTCAAAACCGCATTGAAAGATGAAAAGTTCCCAATCCGAGAAACTTCTACTAAAGCATTGGGGAGGCTGCTACTTTATCAAATTCAAAAAAATTCGGCAACAAATCTTGATATTCTTACATCCCTGGTGTCAGCACTACAAGATGATTCCAGTGAAGTAAGAAGGAAGGTTTTATCTGCAATCAAAGCAGTCGCAAAAGAAAATCCTTCGTTTACTGTGACTCATGCCTCACTAATTGGTCCAGCACTCGCGGAGTGTTTGAGAGACGGCAGTACTCCTGTAAGATTAGCTGCAGAAAGATGTGCTTTGCATTGCTTCCAACTGACAAAAGGTAGTGAAAATGTTCAGGCTGCTCAAAAGTTTATCACAGGCCTTGAAGCTAGACGATTATCGAAGTTACCAGAGCAAAGTGACGATAGCGAAGACAGTGAAGCGGAATCTGCTAGCAGTTGA 7836 42.06 MADSLDLLNSISGLVSTPSTKRRIQIFRTQIPAIFRNSEAYEEFALQLVDIIFSTLFIYDDRGSREAVDNVIIKALSEITFMKSFAAALVQSMEKQSKFHTRVGCYRLLKWSCLLVYSQFSTISKNAFSRLGSAQASLIHILMEGSFRERRTCKQTFFHLLSQSADICRMYIDEVNDTRIPYKDAPELLNLLLEFSNTLPPLFENFKPAFLDLYVNSVLNAREKPTKILSEAFRPLFGRMLHDDLQSVVVPSSVKMLKRNPEIVLDSVSFCLQSVTLDLSKYATEILSVVSPQARHTDENRRIGALAIVRCLAGKSSNPDTLEAMFNNVKAVIGGSEGRLAFPYQRIGMFNMVQELAHAPEGKRICSLSQLVCSFLLSCYRGEGNEEVKLAILSAIAAWAARSSDSIQPELLSLFASGLKEKETLRRGHLRCLHVISKNSDVVARISGLLVPLIQLVKTGFTKAVQRLDGIYALLLVGKIMAIDIKAEETVSKEKIWSLVSQNEPSIVPVSMASKLSIEDCIACLDLLEVLLVEHSRRVLDTFSVQLLSQPLLFFLCHPSWDVRRFACSAVGKLVAGAPELSEALLLEFANFLSIVGEKLHFSKTSDTENSLDSQIPHLLSTEVLVKSLFVISRAATITTSRDSFLIMLCSHHPCLVGTAKRDSIWKRVNKCLQAHGLSFIGTISTNIENLCKGILGPQGLMNTAIDRREAAIYSLCTLMTIAPKEVYTEFEKHFENKSDRHSHNMLSENDIQIFQTPEGMLSGEQGVYVAESISSSIQKESKKNSSSNNSIRREPASRESAGLGKKDTGKFAKKPDKGKTAKEEARELLLREEASIREKVQKIQKNLSLMLRALGELAISNTIFAHSQLSSMVKFVDPLLRSPIVNDVAYETLVKLSRCLAPPLCNSALDIATALRLIATGGDHLLLNMTPSVGEAEANGSSSLGILERIVTALSVACRSGSLPIDTFTFIFPIMEKILLSSKKTGLHDDVLHVLYLHMDPLLPLPRLRMLSVLYHVLGVVPAFQGSIGPALNELCLGLRSDEVASALNGVFAKDVHVRIACLKAVKCIPAVASRSLPENAEVATSIWMALHDPEKSVAEIAEDIWDRYGYDFGTDYSGLFKALSHGNYNVRLSASEALAAILDEYPDTIQESLSTLFSMYIHDTSSEGGAVDSGWFGRQGIALALYSAADVLRTNDLPVVMTFLISRALADPNSDVRGRMINAGIMIIDKHGRESVSLLFPIFENYLNKKASDEEKYDLVREGVVIFTGALAKHLAMNDPKINAVVDKLLDVLNTPSEAVQRAVSTCLSPLMQSKQDDGPALVSRLLDQLMKSEKYGERRGAAFGLAGVVKGFGITSLKKYGVVSVLRDALADRNSAKCREGALLAFECLCETLGRLFEPYVILMLPLLLVSFSDQVVAVRDAAECAARAMMSQLTAQGVKLVLPSLLKGLEDKAWRTKQSSVQLLGAMAYCAPQQLSQCLPKIVPKLTEVLTDTHPKVQSAAQTALQQVGSVIKNPEISALVPTLLMGLTDPNDYTKYSLDILLQTTFINSIDAPSLALLVPIVHRGLRERSAETKKKAAQIAGNMCSLVTEPKDMIPYTGLLLPEVKKVLVDPIPEVRSVAARAIGSLIRGMGEENFPDLVPWLFDTLKSENSNVERSGAAQGLSEVLAALGIDYFDHVLPDIIRNCSHQRAPVRDGYLTLFKYLPRSLGVQFQNYLQQVLPAILDGLADENESVRDAALGAGHVLVEHYAATSLPLLLPAVEDGIFNDSWRIRQSSVELLGDLLFKVAGTSGKALLEGGSDDEGSSTEAHGRAIIEVLGREKRDEILSALYMVRTDVSISVRQAALHVWKTIVANTPKTLKEIMPVLMNTLISSLASLSSERRQVAGRALGELVRKLGERVLPLIIPILSQGLKDANASRRQGVCIGLSEVMTSAGKSQLLSFMDELIPTIRTALCDSMPEVRESAGLAFSTLYKSAGMQAIDEIIPTLLHALEDEDTSDTALDGLKQILSVRTTAVLPHILPKLVHTPLSAFNAHALGALAEVAGPSLYVHLGTVLPALLSAMGGDDEEVQNLAKEAAETVVLVIDEDGVEFLISELLKGVSDNQAAIRRSSSYLIGYFFKNSKLYLVDEAPNLISTLIVLLSDSDSATVVVAWEALSRVVSSIPKEILPSYIKLVRDAVSTSRDKERRKRKGGAILIPGLCLPKALQPLLPIFLQGLISGSAETREQAALGLGELIEMTSEQALKEFVIQITGPLIRIIGDRFPWQVKSAILSTLSIIIRKGGMALKPFLPQLQTTFIKCLQDNTRTVRSSAALALGKLSALSTRIDPLVGDLLSSLQASDGGIREAILTALKGVMKHAGKTVSSGVRTRVYTLLKDLIKHEDDQVRISAASILGIISQYLEDDELTGLLEELINMASSSWHSRHGSMLTISSILRHKPSAVCQFAMLSSILGCLKTALKDEKFPIRETSTKALGRLLLYQIQKNSATNLDILTSLVSALQDDSSEVRRKVLSAIKAVAKENPSFTVTHASLIGPALAECLRDGSTPVRLAAERCALHCFQLTKGSENVQAAQKFITGLEARRLSKLPEQSDDSEDSEAESASS 2611
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
5 16372938 16429698 - MELO3C008660.2.1 Cme05g01066 328129

Annotation

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Cme05g01066 2611 MobiDBLite consensus disorder prediction 779 824 - -
Cme05g01066 2611 Pfam HEAT repeats 1446 1538 - -
Cme05g01066 2611 MobiDBLite consensus disorder prediction 799 824 - -
Cme05g01066 2611 SUPERFAMILY ARM repeat 42 737 IPR016024 -
Cme05g01066 2611 ProSiteProfiles HEAT repeat profile. 1952 1989 IPR021133 -
Cme05g01066 2611 ProSiteProfiles HEAT repeat profile. 1606 1644 IPR021133 -
Cme05g01066 2611 Gene3D - 2377 2610 IPR011989 -
Cme05g01066 2611 Gene3D - 1821 2028 IPR011989 -
Cme05g01066 2611 Coils Coil 827 847 - -
Cme05g01066 2611 PANTHER TRANSLATIONAL ACTIVATOR GCN1-RELATED 206 2599 - -
Cme05g01066 2611 SUPERFAMILY ARM repeat 2041 2574 IPR016024 -
Cme05g01066 2611 SUPERFAMILY ARM repeat 244 1356 IPR016024 -
Cme05g01066 2611 SUPERFAMILY ARM repeat 1258 2022 IPR016024 -
Cme05g01066 2611 Pfam CLASP N terminal 1825 1986 IPR024395 -
Cme05g01066 2611 ProSiteProfiles HEAT repeat profile. 2378 2416 IPR021133 -
Cme05g01066 2611 Pfam Sister chromatid cohesion protein PDS5 protein 2453 2562 - -
Cme05g01066 2611 Gene3D - 1174 1318 IPR011989 -
Cme05g01066 2611 Gene3D - 1639 1820 IPR011989 -
Cme05g01066 2611 Gene3D - 1319 1638 IPR011989 -
Cme05g01066 2611 Gene3D - 2271 2373 IPR011989 -
Cme05g01066 2611 Gene3D - 2032 2270 IPR011989 -
Cme05g01066 2611 SMART TOG_3 1787 2010 IPR034085 -
Cme05g01066 2611 SMART TOG_3 1313 1545 IPR034085 -
Cme05g01066 2611 PANTHER EIF-2-ALPHA KINASE ACTIVATOR GCN1 206 2599 IPR033173 GO:0006417|GO:0019887|GO:0019901|GO:0033674|GO:0043022
Cme05g01066 2611 MobiDBLite consensus disorder prediction 779 796 - -
Cme05g01066 2611 ProSiteProfiles HEAT repeat profile. 1486 1524 IPR021133 -
Cme05g01066 2611 MobiDBLite consensus disorder prediction 2592 2611 - -
Cme05g01066 2611 Gene3D - 193 737 IPR011989 -
       

Pathway

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Cme05g01066 - - - csv:101204332 4784.94
       

Dupl-types

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Cme05g01066 Cme-Chr5:16372938 Cme10g00276 Cme-Chr10:1802542 3.28E-08 dispersed
       

Deco-Alignment

Select Vvi1 Blo1 Blo2 Bda1 Bda2 Bpe1 Bpe2 Bma1 Bma2 Cmo1 Cmo2 Cma1 Cma2 Car1 Car2 Sed1 Cpe1 Cpe2 Bhi1 Tan1 Cmetu1 Lac1 Hepe1 Mch1 Lcy1 Cla1 Cam1 Cec1 Cco1 Clacu1 Cmu1 Cre1 Cone1 Cone2 Cone3 Cone4 Lsi1 Csa1 Chy1 Cme1 Blo3 Blo4 Bda3 Bda4 Bpe3 Bpe4 Bma3 Bma4 Sed2 Cmo3 Cmo4 Cma3 Cma4 Car3 Car4 Cpe3 Cpe4 Bhi2 Tan2 Cmetu2 Lac2 Hepe2 Mch2 Lcy2 Cla2 Cam2 Cec2 Cco2 Clacu2 Cmu2 Cre2 Lsi2 Csa2 Chy2 Cme2
Vvi4g772 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Cme05g01066 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
       

Syn-Orthogroups

Select Orthogroup Bda Bhi Blo Bma Bpe Cam Car Cco Cec Chy Cla Clacu Cma Cme Cmetu Cmo Cmu Cone Cpe Cre Csa HCH Hepe Lac Lcy Lsi Mch Sed Tan Vvi Total
OG0006586 1 1 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 1 1 1 1 3 2 1 1 1 1 1 37
       

Transcriptome

Select Gene Chr Type da1 da2 da3 da4 da5 da6 da7 da8 da9 da10
Cme05g01066 Cme_Chr05 FPKM 0.0 0.285792 108.546692 108.683815 77.35421 98.231331 85.185547 0.0 0.116602 0.122849