Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Csa02g01350 ATGAAGAGTAAAAAGAGGACGCTAAAGAGTCCTAAAGAAACCGTGAGGCCTTCCAAGTCTGCTCGAGTTTTTATCCCAATGGAAGTGGAAGTTGTTGATGAAATAGAACCGGAGCAAAGAGAAGTGCCTCAAGAGTCTGAAGAAGGTTGTCCATGGAGGAACTTGGAATTGATTTTGCTTCTTCAGAATAAAGAGATTGACGAACAAAAGAAGGTCAAAGCAGTGTTCAGCTTTCTAAACTCAAAGTTGAAAGAGATTGATAAATATTATGATACGGTAAAAGTATCACGCTTGATAATTTTTCTCAGTGATTGGGTTCAGTCATTGTTGATTTCTTCTGAAAAGAAAGTAAAGAATGGTGGTGAGCCATGCTTAGATTATAGATGCTGGGAGGTTTTTAAATTTTGTTTGAAAGAATCAGTGAAAACACACACCACTTTGAACCTCTCAAAAAATCTTTTGCATGCCTTTTGTTTTGTTACAAGGCATGCAATATCCTTATTAGTTGCTTCGTTGAGTTCAAAAGAAGAGTTATTTGGTGGGGATTGTTTCAAGTTGTACAATATTGTGCTTGACTGTGTTTCTTTAGTCTTTTCAACCCACTTGGGTCTATCCAATGAGAGTTTAGATGCTTGGACTTCTACAATTGATGCAGCGCTTGAGTTTCTTCACATAATTTATGTAAATAGCTTGGAAGGTGGAGATGTAGGAATTTTTGCTATTAAATTTTCTTGCATGATGCTTGAGCCTTTTGGTAAGTTTTTGTGGATTCACCCTACCAAGAAAACTGGATTTCACAATTTTGTCAACAAGCTTTTGGAACCATTATTGCAATTATTGCGTGACATAAGCCTTAAACCTGATAGATGCAATCATTGTTGGACAAGAACATTGATGAAGTTGCTTGAAGACGTTTTATCTCATGCTTTGTTTCATACTGTGCACATCGATGGATTTTTGTGCCTACATGGTTCAGAGAAAGTTATGAAATCCCATGATGAGAAATTAGAAGAGTCTAAAGCACATATTAGGAGCTACCATAGACATTTGTTTGATAAATTGCAAAAACTAGTTGCAGGAAAGAAGTTTTTGGCATTGGGTGCAATAGGAGAATTGTTTCATGTGCTTGTTGTAAGAGTTAAAAAGGTGAGAGGGGCTTCGATGTTATTTGAGGACGCCAAACTGATTAACAAAGTGGGTTGTTTGGGACCTTTGAGGGATGGTATATCAAGTCATGCATCTTCTACTCTTCAAGGAAGTGTTGATGGACTATCAGAAAAAAGCAATATTGAGAGTAATTTGAGTACAGAAATAAGGAGGTCTCTTTTTGAGTTTTTTGTACAGATTTTGGATCCTTTACTTCAGACCATAGAACTCATTAGCTCCGAGATTCAAGTGGGATCGACCTTGTCAGATGTTCATTGCTTACTCAAATCAATAAATAATATACTTGCAAGTTTTATGAAGGAAAAGGTGTACTTGAGAACTGAGGATAATTCTGAAGGAACTTGCCATAATTTCTTAAAAAAGGTGTATGATACAATAATGTTGATTTCCTCTCATTTATTATTATTATCAAGAGATGAGATAGAAAACAGTATAGACCTAGAAGTCTTTGTTTTAGCAGCAAATGAGATACTGGTGACTCTTGGTTATCTTCTGGAAATTGAATATGATGTGATTGGGACTGATTTGGTGAGCTTATGGACGCTGATCCTTTCTTACTCTGCTTTTAATGTTTCTTTTACAAGCACATCTAAACAACACTTGTTAACATCCAAGATTCAAGAGCTTGGATGTCAACTGGTCGTGTTATATGGTCAGCTACGGCAGGTCAACATCAGTATTTTTGCTCTATGTGAAGCTATGAGGGCAGTGATATCAAATGAAGGTGAAGCTGAAAAAGGATATGCTAGCTTTATGACTTCTTTAGGCCAAGAAGCTTATGGGAAATCAGTTGGGATGTTACTTTCTTCCCAAGAAATAAAATTTGCAATTCATAAAGCGATTAAATATATACCTGAAGGGCAAGCTAGCGGAATTGTTCAGCAGTTAACCGAGGATGTGGCAAAAACTTTAGGATGGTTGAAACGGTGTAATATGAACTTGATTATAAGAAACAAGACAGGGGGATCCGAAATGCAATCTGTGCTTCTTGGGAGAGGGTTATCTGAAATATATTCTCTGATGTTGGATTCACTAATGATCACATCAGGGAATGCTTCCCAAGTTGGAACTTCGATTGTGAACTTGGTTTCAGTCATACGTCCTTGCATGAGTACATTAGTTGGACTAGAGTCAGATGGTGCCAAAGCATTCTTCGTTGCTGTCATGGGAAAAACATGGGATGATTTGGTTGCAAATGAAGAAAATTGTCTCGGATTTGGAATGACTAGTCATTGGGTCTTTGTTTTCTTCTTTCGCTTGTACATGTCCTGTCGGAGCCTGTACAGGCAAGTAATTAGTCTGATGCCCCCAAGTTTGTCTAGAAAGATGTCCGCAGCAACTGGAGACTCATTCATGGCCTATTCTGCTTGTGATTGGATGCAGAAGACTGATTGGAGTGATGAAGGATATTTTTCATGGATAACTCAATCTTCAGCTTCTGTTCTTGTTATTGTTGAATCAGTTTGTAGTCTTTATCATCAAAGCACCAACGTTGGTTGGTACCCTTTAATTTATGTCTTGCTTATCATGGTTCTTCAGAGGTTAGTGGATTTGAATAAGCAAATAGGTTCTCTGGAGTATTTGCACCAGAGAAGTGAAAATTTGATGCAGGTTGAGGTCCTTAGTGATGATGACTTGTCAGTGTTACAGAAAAAGATAAAAAAGTTTGGAAGGCTTGTCTCTGTTCTGCGAAAAGAAGCAGAAGATCTTACTGATTTCATGATGGGGCATTTATCTTTAGTAGCTAAAGGTCGAGTTTTGAATTCAACCAAAAGAAATGCAACTTCAAATGATAAATCTACTGAAATGCTTAGCGATATTGATGAATGGGACTTCAGTATTTATAATGTGAATAAAAGGTCATTTCCCACAGCTGTTTGGTGGATTATTTGCCAGAATATTGATATTTGGGTGAGTCATGCTGCTAAAAAGAAGTTAAAAATGTTTCTTTCTTTCTTACTTCCTACGGCTCTCCACTTCTTAGCAAGCAATCATACTAAGATTGAAACACAACAAACCTACGGATATCGGCAGCCAAAGAAAGTGTCTCTGCAACAGATTTCATCTGCTGTTCTAAGTGATCCCATCTTTTATGAACGCAGTTTTGTACGCAGGTTTATGGCATCAAGGTTTTGTCGTGAGTTGAAGTCTTCATTATTATCGTCGTTTCATGATTTGAATAGAAGTTTGGCTGATTGGATGGAGGTGATAGCCACACTTGAGCATTTAGCTATAGGTGTTTGCAGTGGCAAACACACTCCTGATGATAGTGCTCTCCTTGCAAACACAGTTAATCTTTCTTCTGATATGTTGCACGCAGAAGATTGCAAGTTGAAGGGTGATTCATCTGAAAGCAATGTGAGAATTAGAGATTGTCAGCATCTGATTAAGCTTTTATGTCTGATGCCAATGGGGAATATGAGTTCAAAGTCCTTTTCCCTTTATACTACTCATGTTCTTGAACTTGAAAGGATACTGGTGAATGCTTTATTAGATAATCAGACTGCTCTATGTTCAAATAAATTTGAACTCCTCAAATTGTTTGCATCTTGTCGGAAGGCCTTGAAATATATATTTAGGGCTTACTGTGAGGCTGCTAATGGACAGAGCTCATCTGTTCCAATTCTATCTGAAAATCAATTTCCCTTTTTATGGCTTTTCAAGTCTTTGTCACTTGTTAATCAAATTCAAGAAGTTTCTCCAGAAGGTACTGACAGACAAATTAAGGACATCATCTTTTCATTGATGGATCATACATTATACTTGTTTTTAACAACTAGCAAATATCAATTTAAGGAGGCTCTCTGCACAAGTGTAAAAGTCAACAAACCCTGCAAGGAGCAACCCCAGGACGTGTGCCAAGATCTAAATGATGGGGATGATTTATGTTTAGATTCCATTCACAGTGTAGAAGTATGCAGTAGTGCCATTCAAATGAGCAACAGTCTGAAGGAACAGGTGGAGAGTGAACTTATCTCTCTGAAGAAGTCTAATTTTGCAGTTGGAGATGCTAAAAATAGAGCCGATATTTGTAAATTTAATTCTCTAGCTTCTTGCCTTAATGGATTTTTATGGGGCCTAGCATCTGTTGATGACCATACTGATTTGAGGAAAGGTAACCATCACATGAGATCAATGAAGTTGAAACGTGAGTATAGTTCTGAACTGAACAATTGCATGAATGCAATTTCAGAATTATTAGGCCTCATCTTGGAAATGTTTCTTGATAGAGATAGTCAATTGCCGAAAAACTTGTGTGATTATCAAGCATTTCAAGACCTAGAATCTTCTTATTGTGATGATGACAGTGAAAATGTTAGCAAAAAAAGGAAAAGGTTGAAATTGGAAAATAAAAGCAGTTTTGCTTCTATTCTCAACGATGCTAAGTCAATTGAGATGCAACTCTTGAACCAACCCTTTTTGCGAGGTCTGCTGCAAGGTTCCTACCCTGAAGTTAATTTTGCTCTTAAGCAGCTATTTCTTGCTGCTTCAAGAATTCTGAGATTGCATAAGCAATATGATACAACTCCTTTGTCGTCGAGTTCTATGACCATCCTAATTGGCATTTCCAGATTCTTGTTGCTTGAATTTGTGGATATGGTTGATGTGCCACAACCATTTTTGCTTGCATGCTTCGATGGTGTTCTAAAGTATTTGGAGGAATTAGGCCATCTGTTTCGTTTTGCTGATCCTGTGCAGTCCCGGAATCTATATTCTGAACTTATAAATCTACATTTGCAAGCTGTAGGAAAGTGCATTTGTCTACAGGGAAAAAGAGCTACATTAGCATCCCATGAGACGGAGTCCACTACAAAGACTCTTGATGGAGGATTTTTTAAAGAATCATCTTTTCCTGGAGTCTACTGCATGGATGAATTTAAAGCTTCATTGAGAATGTCATTCAAAGTGTTCATAAGGGAAGCCACGGAGTTGCATCTCTTATCTGCAGTTCAGGCTATAGAGAGAGCTCTAGTTGGAGTGCAGGAAGGTTGTACAACGATATATGGATTATATTCCGGAAGTGAAGATGGGGGAAAGTGTTCCTCTATTGTTGCAGCTGGTGTTGAATGCTTGGATTTGGTACTTGAAATTTTTTCAGGACGTAAATGCATGGGTGTGATTAAAAGACACATTGAGAGTTTAACTGCTGGTCTGTTGAGCATAGTTCTACACTTGCAAAGTCCCCAAATTTTCTATAGAATGATTGCCATGAAAGATAGAAGTGATCCAGATCCGGGATCAGTCATTCTTATGTCTATTGAAGTTCTTACAAGAGTTTCAGGGAAGCACGCTCTTTTCCAAATGAACGTTTGGCAAGTTTCGCAGTGTTTACGAATTCCTGCTGCACTTTTCGAAAATTTCTCTCTTAAGCTCCCAGGAATTGCCACTGAATCAGAATGCTCGTTGATCTCAGCTCAGGAAACCTCCAGTGTAGTTGTAACCACGAGTAGTTCTACTATAGACAAACAATTCACAATAGATCTTTTTGCTGCCTGCTGCCGCTTATTATACACTATAATCAAGCATCGTAAAAGTGAGTGCAAGCGTTCCATTGCTCAACTACAGGCATCAGTGTCTGTTCTTCTTCAGTCCCTTGAAAGTGTAGATCCAGACCCAAAATCTATGGGTGGTTACTTTTCATGGAAAGTAGAAGAGGGAGTAAAGTGCGCATCTTTCCTCCGAAGGATCTATGAAGAGATAAGACAACAACGGGATATTGTAGAGCGACACTGCGCCCTATTTCTTTCGGATTACATTTGGTTTTACTCGGGACACGGCCCCTTAAAATCTGGGATTAGAAGGGAAATCGACGATGCATTGAGGCCTGGTGTCTATGCTCTTATAGATGCTTGTTCAGCTGAGGATCTTCAATATCTTCACACTGTATTTGGCGAAGGTCCGTGTAGAAACACTTTGGCAACTTTGCAGCAGGATTACAAACAATTTTTCCAATATGAAGGAAAAGTATGA 6138 38.19 MKSKKRTLKSPKETVRPSKSARVFIPMEVEVVDEIEPEQREVPQESEEGCPWRNLELILLLQNKEIDEQKKVKAVFSFLNSKLKEIDKYYDTVKVSRLIIFLSDWVQSLLISSEKKVKNGGEPCLDYRCWEVFKFCLKESVKTHTTLNLSKNLLHAFCFVTRHAISLLVASLSSKEELFGGDCFKLYNIVLDCVSLVFSTHLGLSNESLDAWTSTIDAALEFLHIIYVNSLEGGDVGIFAIKFSCMMLEPFGKFLWIHPTKKTGFHNFVNKLLEPLLQLLRDISLKPDRCNHCWTRTLMKLLEDVLSHALFHTVHIDGFLCLHGSEKVMKSHDEKLEESKAHIRSYHRHLFDKLQKLVAGKKFLALGAIGELFHVLVVRVKKVRGASMLFEDAKLINKVGCLGPLRDGISSHASSTLQGSVDGLSEKSNIESNLSTEIRRSLFEFFVQILDPLLQTIELISSEIQVGSTLSDVHCLLKSINNILASFMKEKVYLRTEDNSEGTCHNFLKKVYDTIMLISSHLLLLSRDEIENSIDLEVFVLAANEILVTLGYLLEIEYDVIGTDLVSLWTLILSYSAFNVSFTSTSKQHLLTSKIQELGCQLVVLYGQLRQVNISIFALCEAMRAVISNEGEAEKGYASFMTSLGQEAYGKSVGMLLSSQEIKFAIHKAIKYIPEGQASGIVQQLTEDVAKTLGWLKRCNMNLIIRNKTGGSEMQSVLLGRGLSEIYSLMLDSLMITSGNASQVGTSIVNLVSVIRPCMSTLVGLESDGAKAFFVAVMGKTWDDLVANEENCLGFGMTSHWVFVFFFRLYMSCRSLYRQVISLMPPSLSRKMSAATGDSFMAYSACDWMQKTDWSDEGYFSWITQSSASVLVIVESVCSLYHQSTNVGWYPLIYVLLIMVLQRLVDLNKQIGSLEYLHQRSENLMQVEVLSDDDLSVLQKKIKKFGRLVSVLRKEAEDLTDFMMGHLSLVAKGRVLNSTKRNATSNDKSTEMLSDIDEWDFSIYNVNKRSFPTAVWWIICQNIDIWVSHAAKKKLKMFLSFLLPTALHFLASNHTKIETQQTYGYRQPKKVSLQQISSAVLSDPIFYERSFVRRFMASRFCRELKSSLLSSFHDLNRSLADWMEVIATLEHLAIGVCSGKHTPDDSALLANTVNLSSDMLHAEDCKLKGDSSESNVRIRDCQHLIKLLCLMPMGNMSSKSFSLYTTHVLELERILVNALLDNQTALCSNKFELLKLFASCRKALKYIFRAYCEAANGQSSSVPILSENQFPFLWLFKSLSLVNQIQEVSPEGTDRQIKDIIFSLMDHTLYLFLTTSKYQFKEALCTSVKVNKPCKEQPQDVCQDLNDGDDLCLDSIHSVEVCSSAIQMSNSLKEQVESELISLKKSNFAVGDAKNRADICKFNSLASCLNGFLWGLASVDDHTDLRKGNHHMRSMKLKREYSSELNNCMNAISELLGLILEMFLDRDSQLPKNLCDYQAFQDLESSYCDDDSENVSKKRKRLKLENKSSFASILNDAKSIEMQLLNQPFLRGLLQGSYPEVNFALKQLFLAASRILRLHKQYDTTPLSSSSMTILIGISRFLLLEFVDMVDVPQPFLLACFDGVLKYLEELGHLFRFADPVQSRNLYSELINLHLQAVGKCICLQGKRATLASHETESTTKTLDGGFFKESSFPGVYCMDEFKASLRMSFKVFIREATELHLLSAVQAIERALVGVQEGCTTIYGLYSGSEDGGKCSSIVAAGVECLDLVLEIFSGRKCMGVIKRHIESLTAGLLSIVLHLQSPQIFYRMIAMKDRSDPDPGSVILMSIEVLTRVSGKHALFQMNVWQVSQCLRIPAALFENFSLKLPGIATESECSLISAQETSSVVVTTSSSTIDKQFTIDLFAACCRLLYTIIKHRKSECKRSIAQLQASVSVLLQSLESVDPDPKSMGGYFSWKVEEGVKCASFLRRIYEEIRQQRDIVERHCALFLSDYIWFYSGHGPLKSGIRREIDDALRPGVYALIDACSAEDLQYLHTVFGEGPCRNTLATLQQDYKQFFQYEGKV* 2046
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
2 12995198 13005634 + CsaV3_2G015660.1 Csa02g01350 519407

Annotation

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Csa02g01350 2045 PANTHER UNHEALTHY RIBOSOME BIOGENESIS PROTEIN 2 HOMOLOG 42 2045 - -
Csa02g01350 2045 Pfam Urb2/Npa2 family 1808 2044 IPR018849 -
       

Pathway

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Csa02g01350 - - - csv:101208263 4008.76
       

Deco-Alignment

Select Vvi1 Blo1 Blo2 Bda1 Bda2 Bpe1 Bpe2 Bma1 Bma2 Cmo1 Cmo2 Cma1 Cma2 Car1 Car2 Sed1 Cpe1 Cpe2 Bhi1 Tan1 Cmetu1 Lac1 Hepe1 Mch1 Lcy1 Cla1 Cam1 Cec1 Cco1 Clacu1 Cmu1 Cre1 Cone1 Cone2 Cone3 Cone4 Lsi1 Csa1 Chy1 Cme1 Blo3 Blo4 Bda3 Bda4 Bpe3 Bpe4 Bma3 Bma4 Sed2 Cmo3 Cmo4 Cma3 Cma4 Car3 Car4 Cpe3 Cpe4 Bhi2 Tan2 Cmetu2 Lac2 Hepe2 Mch2 Lcy2 Cla2 Cam2 Cec2 Cco2 Clacu2 Cmu2 Cre2 Lsi2 Csa2 Chy2 Cme2
Vvi3g98 . . . . . . Bma05g00411 . . . . . Car02g00212 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Lsi10g00461 . Chy11g00299 . . . . . . Bpe05g00307 . . . . . . . . . . Cpe05g01309 Bhi10g01894 . . . Hepe08g0949 . . Cla02g01117 Cam02g1190 . Cco02g1246 Clacu02g1180 Cmu02g1140 Cre02g1456 . Csa02g01350 . Cme11g00421
       

Syn-Orthogroups

Select Orthogroup Bda Bhi Blo Bma Bpe Cam Car Cco Cec Chy Cla Clacu Cma Cme Cmetu Cmo Cmu Cone Cpe Cre Csa HCH Hepe Lac Lcy Lsi Mch Sed Tan Vvi Total
OG0010116 0 5 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 31
       

Transcriptome

Select Gene Chr Type da1 da2 da3 da4 da5 da6 da7 da8 da9 da10
Csa02g01350 Csa_Chr02 FPKM 8.700533 10.886889 19.161037 20.479349 76.903519 78.075638 77.962082 26.717648 27.264313 24.602463