Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Csa03g01009 ATGGCGGGCTTAGACTTGGGCTCTGCTTCTCACTTTGTTCATCAACTTCAGCACCGTTCTGTGGATCTCCACCTCCAACATCAGACCGATGTAGACGACGGTTCTGACCACCAACCTAACTCCGGCGGAGAGATCGTTGCCCGACGGTCCAGAGGTAGACCGCCCGGTTCCAAGAATAAACCCAAACCACCGGTTATTATTACCAGAGAAAGCGCTAACACTCTTCGGGCCCACATCTTGGAAGTCAACACCGGTTGTGATGTCTTTGACTCCGTCGCCACTTATGCCCGGAAACGCCAGCGTGGCGTCTGCATCTTGAGCGGCACCGGCGCCGTTACTAACGTTACCTTACGGCAACCTTCATCAACTGGTGGCGCTATTACTCTTCCTGGAAGGTTTGAGATATTATCTTTAACGGGATCGTTTTTACCGCCACCGGCACCTCCGGGAGCTACGAGTTTGACTATCTTCCTTGCGGGTGGGCAAGGGCAAATCGTCGGAGGGAATGTTGTCGGGTCTTTGATTGCTTCAGGACCGGTGATCGTCATTGCGTCGTCGTTTACCAATGTTGCTTACGAGAGGTTACCATTGGACGAGGAGGAACAACCGCCCAACGGTGGTGGGAGTCTTAGCAACCCATTTCCGGACCCGTCGGTCGGGTTGCCGTTGTTTAATATGCCGTCGTCGAACATGGCGGGGAATCAAAATCAGCTGCCGGTGGACGGATGGGGCGGAGGGAATTCCGGTGGGAGAGCATCTTATTGA 765 54.12 MAGLDLGSASHFVHQLQHRSVDLHLQHQTDVDDGSDHQPNSGGEIVARRSRGRPPGSKNKPKPPVIITRESANTLRAHILEVNTGCDVFDSVATYARKRQRGVCILSGTGAVTNVTLRQPSSTGGAITLPGRFEILSLTGSFLPPPAPPGATSLTIFLAGGQGQIVGGNVVGSLIASGPVIVIASSFTNVAYERLPLDEEEQPPNGGGSLSNPFPDPSVGLPLFNMPSSNMAGNQNQLPVDGWGGGNSGGRASY* 255
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
3 8151266 8152677 + CsaV3_3G010090.1 Csa03g01009 521914
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Csa03g01009 254 MobiDBLite consensus disorder prediction 198 254 - -
Csa03g01009 254 CDD DUF296 76 187 IPR005175 -
Csa03g01009 254 Pfam Plants and Prokaryotes Conserved (PCC) domain 76 189 IPR005175 -
Csa03g01009 254 ProSiteProfiles PPC domain profile profile. 72 213 IPR005175 -
Csa03g01009 254 PANTHER AT-HOOK MOTIF NUCLEAR-LOCALIZED PROTEIN 22 254 - -
Csa03g01009 254 MobiDBLite consensus disorder prediction 29 65 - -
Csa03g01009 254 Gene3D - 75 202 - -
Csa03g01009 254 SUPERFAMILY AF0104/ALDC/Ptd012-like 72 201 - -
Csa03g01009 254 MobiDBLite consensus disorder prediction 223 242 - -
Csa03g01009 254 PANTHER AT-HOOK MOTIF NUCLEAR-LOCALIZED PROTEIN 15 22 254 IPR014476 GO:0003680
       

Duplication type information

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Csa01g03224 Csa-Chr1:28374192 Csa03g01009 Csa-Chr3:8151266 2.78E-43 dispersed
Csa02g00284 Csa-Chr2:1943318 Csa03g01009 Csa-Chr3:8151266 2.49E-79 dispersed
Csa02g02215 Csa-Chr2:19910568 Csa03g01009 Csa-Chr3:8151266 7.80E-52 dispersed
Csa03g00960 Csa-Chr3:7828396 Csa03g01009 Csa-Chr3:8151266 2.13E-73 dispersed
Csa03g01009 Csa-Chr3:8151266 Csa06g00611 Csa-Chr6:5164542 6.99E-67 dispersed
Csa06g00131 Csa-Chr6:858735 Csa03g01009 Csa-Chr3:8151266 1.75E-61 dispersed
Csa01g00424 Csa-Chr1:2655886 Csa03g01009 Csa-Chr3:8151266 2.23E-74 transposed
Csa02g01081 Csa-Chr2:10540538 Csa03g01009 Csa-Chr3:8151266 2.71E-66 transposed
Csa07g00219 Csa-Chr7:1744518 Csa03g01009 Csa-Chr3:8151266 2.55E-60 transposed
Csa03g01009 Csa-Chr3:8151266 Csa03g04619 Csa-Chr3:40121090 9.52E-89 wgd
Csa03g00181 Csa-Chr3:1347507 Csa03g01009 Csa-Chr3:8151266 3.18E-100 wgd
Csa03g01009 Csa-Chr3:8151266 Csa06g00649 Csa-Chr6:5397986 1.48E-96 wgd
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Csa03g01009 - - csv:101220959 485.337