Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Csa03g01128 ATGGCAATGGCGGAATCTGGTAAATGGATTCGTTTGATTCTTCTCGTGGTGTTCATGTTGTTCGTCGGAGCAATTGCTAGAGCTCCCAAAGAGATTCCTGAAATTGAGAATGGAGGAACTGAGAAGCTGCAGAGCTCAAGCAACTCAACGATGGCGGTGAGGTTGGATGAGGCTAAGGATCTCGGTAATGAGCATGCTGTGGACAACCCAGAAGAGATCGCTGCTATGGTTGACATGAGTATCCGCAATGCTACTGCGAGGAGGGAGCTCGGTTTCTTCTCTTGTGGAACCGGCAATCCTATTGATGACTGCTGGCGTTGCGACCCCAATTGGCAACAGAATCGCAAACGTCTCGCAGATTGTGGCATTGGCTTTGGCCGAAACGCCATCGGAGGCCGTGACGGTCGATTTTATGTTGTCACTGACTCCGGCGACGACAACCCTGTCAACCCAAAGCCTGGTACTTTGCGACATGCCGTCATCCAGGACGAACCTCTCTGGATTGTGTTCAAAAGAGACATGGTGATTCAGCTGAAACAAGAGCTGATTATGAATAGTTTCAAGACAATTGATGCTCGTGGGACCAATGTTCACATTGCTAATGGTGCTTGCCTCACAATCCAGTTTGTGACCAATGTTATTGTCCATGGTCTAAACATCCATGACTGCAAACCCACTGGAAACGCCATGGTAAGAAGCTCACCCAATCACGTGGGGTGGAGAACAATAGCTGATGGTGATGCCATTTCAATTTTTGGATCAAGTCATATTTGGATCGATCACAATTCACTCTCTAATTGCGCTGATGGCCTCGTTGATGCTGTCATGGGATCCACTGCAATTACCATCTCCAACAATTACTTCACCCACCACAACGAGGTTATGTTATTAGGACATAGTGATTCTTACGTTAGAGATAAACTAATGCAAGTGACCATTGCTTACAATCACTTTGGTGAAGGACTCATCCAAAGAATGCCAAGGTGTAGACACGGATACTTCCATGTGGTGAACAATGATTATACTCACTGGGAGATGTACGCCATTGGTGGAAGTGCAAATCCAACCATCAATAGTCAGGGTAACAGATATGCTGCTCCAACCAACCCTTTTGCAAAAGAGGTAACAAAGAGAGTTGAGACATCTGAAAGTGAGTGGAAAGGTTGGAATTGGAGATCAGAAGGAGACCTTTTGTTGAACGGAGCCTTTTTCATTCCATCTGGTGCGGGGGCCTCATCAAGTTATGCTAGAGCTTCAAGCTTGGGAGCTAAATCTTCATCCATGGTTGGTACTATAACATCCAATGCCGGTGCGCTTTCCTGCCGAAGAGGCCACGCGTGCTAG 1344 46.88 MAMAESGKWIRLILLVVFMLFVGAIARAPKEIPEIENGGTEKLQSSSNSTMAVRLDEAKDLGNEHAVDNPEEIAAMVDMSIRNATARRELGFFSCGTGNPIDDCWRCDPNWQQNRKRLADCGIGFGRNAIGGRDGRFYVVTDSGDDNPVNPKPGTLRHAVIQDEPLWIVFKRDMVIQLKQELIMNSFKTIDARGTNVHIANGACLTIQFVTNVIVHGLNIHDCKPTGNAMVRSSPNHVGWRTIADGDAISIFGSSHIWIDHNSLSNCADGLVDAVMGSTAITISNNYFTHHNEVMLLGHSDSYVRDKLMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSANPTINSQGNRYAAPTNPFAKEVTKRVETSESEWKGWNWRSEGDLLLNGAFFIPSGAGASSSYARASSLGAKSSSMVGTITSNAGALSCRRGHAC* 448
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
3 8895882 8901195 + CsaV3_3G011280.1 Csa03g01128 522033
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Csa03g01128 447 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 75 442 IPR011050 -
Csa03g01128 447 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 14 444 IPR045032 GO:0030570
Csa03g01128 447 Gene3D - 98 440 IPR012334 -
Csa03g01128 447 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 121 138 IPR018082 -
Csa03g01128 447 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 145 170 IPR018082 -
Csa03g01128 447 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 181 197 IPR018082 -
Csa03g01128 447 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 245 266 IPR018082 -
Csa03g01128 447 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 325 344 IPR018082 -
Csa03g01128 447 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 347 366 IPR018082 -
Csa03g01128 447 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 389 413 IPR018082 -
Csa03g01128 447 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 418 441 IPR018082 -
Csa03g01128 447 Pfam Pectate lyase 184 362 IPR002022 -
Csa03g01128 447 PANTHER PECTATE LYASE 14 444 - -
Csa03g01128 447 SMART amb_all 173 370 IPR002022 -
       

Duplication type information

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Csa02g01684 Csa-Chr2:16049973 Csa03g01128 Csa-Chr3:8895882 0 dispersed
Csa03g01128 Csa-Chr3:8895882 Csa05g01868 Csa-Chr5:21944533 0 dispersed
Csa02g00989 Csa-Chr2:9495612 Csa03g01128 Csa-Chr3:8895882 0 wgd
Csa03g01128 Csa-Chr3:8895882 Csa03g02663 Csa-Chr3:25266042 0 wgd
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Csa03g01128 K01728 - csv:101218188 912.524