Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Csa03g02203 ATGGTATGCAGCTACAATATAAGGAATGTGATTGCTCAGGCTGGACATATAGGAATAATCAATAGAAGGGTCCAAATCAGTAATATCTGGAGGAGTTTGCCTTCCAATCTTGGATTTGTTCACACCTGGAAGCGTGAATATAGAACAAGTCTCATGATGATGGTAGATACAGGTGCATCTGAAAACCGTGGGCCGATTGTTGATAAGCATCCAGAGAAAGATGAAGATGGTGGCTATACAAGTGGAGGATGGAAAAGTGAAGATGGGAGACTTAGTTGGGGGTATTCAAGTTTCAGAGGGAAGAGGGCAACCATGGAAGATTTCTTTGATATTAAAATGTCGAAGGTCGATGGTCAAACTGTCTGCCTTTTTGGCATCTTTGATGGTCACGGTGGGTCCCGAGCTGCAGAGTTTTTGAAGGACCATCTCTTTGAGAATCTAATGAAGCACCCAAAATTTTTGACGGATACCAAATTAGCTATCAGTGAAACGTATCAACAGACAGATGCTGAATTTTTAAATTCGGAAAAGGATACTTTAAGGGATGATGGCTCTACTGCTTCAACTGCTTTGCTGGTTGGCAATCATCTCTATGTTGCCAATGTTGGAGATTCACGTACTATTATATCAAAGGGAGGTGAAGCTATCCCTCTTTCTGAGGACCATAAACCAAACAGAACTGACGAGCGGAGGAGAATTGAAAATGCTGGGGGTGTTGTCATGTGGGCTGGCACTTGGAGAGTAGGAGGAGTGTTAGCAATGTCCCGTGCTTTCGGTAACAAGATGTTGAAGCAGTTTGTTGTGGCGGATCCCGATATTCAGGATCTTGAAGTAGACAAGGACATCGAGTTGCTTGTTGTTGCAAGCGATGGACTTTGGGACGTGGTACGCAATGAGGATGCAGTATTAGTGGCGGGGAAGGAAGATGAACCTGAGGCAGCTGCTCGGAAGCTAACTGAAGCAGCGTTTACGCGTGGCAGTGCTGACAACATAACGTGCATTGTGGTGAAGTTTCATCACGAGAATGCAGGTCCTGTGGCAGAGAACTAA 1050 44.67 MVCSYNIRNVIAQAGHIGIINRRVQISNIWRSLPSNLGFVHTWKREYRTSLMMMVDTGASENRGPIVDKHPEKDEDGGYTSGGWKSEDGRLSWGYSSFRGKRATMEDFFDIKMSKVDGQTVCLFGIFDGHGGSRAAEFLKDHLFENLMKHPKFLTDTKLAISETYQQTDAEFLNSEKDTLRDDGSTASTALLVGNHLYVANVGDSRTIISKGGEAIPLSEDHKPNRTDERRRIENAGGVVMWAGTWRVGGVLAMSRAFGNKMLKQFVVADPDIQDLEVDKDIELLVVASDGLWDVVRNEDAVLVAGKEDEPEAAARKLTEAAFTRGSADNITCIVVKFHHENAGPVAEN* 350
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
3 19119262 19125138 - CsaV3_3G022030.1 Csa03g02203 523108
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Csa03g02203 349 MobiDBLite consensus disorder prediction 62 83 - -
Csa03g02203 349 Pfam Protein phosphatase 2C 96 331 IPR001932 -
Csa03g02203 349 SUPERFAMILY PP2C-like 88 339 IPR036457 -
Csa03g02203 349 MobiDBLite consensus disorder prediction 63 81 - -
Csa03g02203 349 PANTHER ALPHABET, ISOFORM E-RELATED 44 344 - -
Csa03g02203 349 CDD PP2Cc 94 338 IPR001932 -
Csa03g02203 349 Gene3D - 84 343 IPR036457 -
Csa03g02203 349 PANTHER PROTEIN PHOSPHATASE 2C 52-RELATED 44 344 - -
Csa03g02203 349 ProSiteProfiles PPM-type phosphatase domain profile. 92 338 IPR001932 -
Csa03g02203 349 ProSitePatterns PPM-type phosphatase domain signature. 123 131 IPR000222 GO:0043169
Csa03g02203 349 SMART PP2C_SIG_2 90 338 IPR001932 -
Csa03g02203 349 SMART PP2C_4 82 336 IPR001932 -
       

Duplication type information

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Csa06g02025 Csa-Chr6:18188911 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 1.19E-46 dispersed
Csa01g00408 Csa-Chr1:2556187 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 8.77E-32 transposed
Csa01g02526 Csa-Chr1:22272510 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 1.66E-52 transposed
Csa02g00258 Csa-Chr2:1753627 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 1.06E-43 transposed
Csa02g01777 Csa-Chr2:17244608 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 1.29E-43 transposed
Csa02g02502 Csa-Chr2:22052604 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 5.24E-48 transposed
Csa03g01972 Csa-Chr3:15565173 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 8.62E-28 transposed
Csa03g04445 Csa-Chr3:38776312 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 1.28E-68 transposed
Csa04g00946 Csa-Chr4:7135600 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 3.01E-60 transposed
Csa04g02331 Csa-Chr4:23784845 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 4.91E-58 transposed
Csa04g02606 Csa-Chr4:25550564 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 3.45E-120 transposed
Csa04g02621 Csa-Chr4:25646974 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 2.22E-30 transposed
Csa04g02719 Csa-Chr4:26235116 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 5.36E-41 transposed
Csa05g00829 Csa-Chr5:6160066 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 2.61E-47 transposed
Csa05g02632 Csa-Chr5:27433334 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 2.70E-24 transposed
Csa06g01923 Csa-Chr6:17350468 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 1.75E-114 transposed
Csa06g02444 Csa-Chr6:21807730 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 3.32E-16 transposed
Csa06g03854 Csa-Chr6:30575645 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 6.25E-54 transposed
Csa07g00485 Csa-Chr7:3515190 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 1.67E-55 transposed
Csa07g02095 Csa-Chr7:20212401 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 4.91E-36 transposed
Csa02g01050 Csa-Chr2:10191814 Csa03g02203 Csa-Chr3:19119262 6.43E-18 wgd
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Csa03g02203 K17506 - csv:101203681 709.138