Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Csa03g02663 ATGGCGGTTTCTGTCACACTACAAACCTCCACATCCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTCATCTTCTTCTTCCTTCATTCCAGTTTCGCTGAAGACGAGAGACTGCATAGCTTCAATTCTTCGTCAATGCCCTACCGATATATCGAGAATGAGCATGCTGTTGATAATCCAGAGGAAATTGCATCAATGGTTGATTTGAGCATTCGCAATAGCACAGAGAGGAGGAACTTGGGGTTCTTCTCTTGTGGAACAGGAAATCCAATAGATGACTGTTGGCGTTGTGACCCACGTTGGCAATTGCGGCGAAAGCACTTGGCCAACTGCGGCATTGGGTTCGGCCGTAATGCAGTTGGTGGCCGTGATGGTCGATACTATGTCGTCTCCGATCCTGGTGACGACGATCCTATCAATCCCAGACCAGGGACCCTTCGCCATGCAGTGATTCAAGACAGGCCATTGTGGATTGTGTTCAAAAGAGATATGGTTATCACTCTAAAGCAAGAACTCATCATGAACAGTTTCAAGACAATTGATGGCCGTGGTGCTAATGTACACATTGCTTATGGAGCTTGTATTACGATCCAATTCATAACCAACGTCATTATTCATGGTTTGCATATTCACGACTGCAAGCCAACGGGCAATGCCATGGTTCGAAGCTCACCAAGTCATTATGGATGGAGGACAATGGCTGATGGTGATGGCATTTCCATTTTTGGGTCGAGTCATATTTGGATTGACCATAATTCTCTTTCTTCCTGTGCTGATGGGCTCATTGATGCTGTCATGGGATCAACTGCCATCACAATTTCTAACAACTACTTCACCCACCACAATGAGGTGATGCTCTTGGGTCATAGTGATTCTTATGTAAGAGACAAGCAAATGCAAGTCACCATTGCTTATAACCATTTTGGCGAAGGTCTCATCCAAAGAATGCCAAGGTGTAGACATGGGTATTTCCACGTAGTAAACAATGACTACACTCACTGGGTAATGTATGCCATCGGTGGAAGTGCTGATCCCACCATTAATAGCCAAGGCAACAGATATCTTGCCCCTGTCAACCCTTTTGCCAAAGAGGTAACAAAGAGAGTTGAAACACATAATGGTATATGGAAGCACTGGAATTGGAGATCAGAGGGAGATCTTATGCTCAATGGAGCCTACTTCACTCCATCAGGAGCTGGTGCAGCAGCCAGTTATGCAAGAGCCTCAAGCTTAGGAGCTAAATCCTCTTCCTTGGTGGGCTCTATTACTTCAAATGCAGGTGCCCTTGCTTGTCGTAGGGGATACCGGTGTTAA 1302 45.78 MAVSVTLQTSTSLLLLLLLIFFFLHSSFAEDERLHSFNSSSMPYRYIENEHAVDNPEEIASMVDLSIRNSTERRNLGFFSCGTGNPIDDCWRCDPRWQLRRKHLANCGIGFGRNAVGGRDGRYYVVSDPGDDDPINPRPGTLRHAVIQDRPLWIVFKRDMVITLKQELIMNSFKTIDGRGANVHIAYGACITIQFITNVIIHGLHIHDCKPTGNAMVRSSPSHYGWRTMADGDGISIFGSSHIWIDHNSLSSCADGLIDAVMGSTAITISNNYFTHHNEVMLLGHSDSYVRDKQMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWVMYAIGGSADPTINSQGNRYLAPVNPFAKEVTKRVETHNGIWKHWNWRSEGDLMLNGAYFTPSGAGAAASYARASSLGAKSSSLVGSITSNAGALACRRGYRC* 434
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
3 25266042 25271347 - CsaV3_3G028700.1 Csa03g02663 523568
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Csa03g02663 433 Pfam Pectate lyase 167 348 IPR002022 -
Csa03g02663 433 SMART amb_all 159 356 IPR002022 -
Csa03g02663 433 PANTHER PECTATE LYASE 40 430 - -
Csa03g02663 433 Gene3D - 84 426 IPR012334 -
Csa03g02663 433 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 107 124 IPR018082 -
Csa03g02663 433 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 131 156 IPR018082 -
Csa03g02663 433 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 167 183 IPR018082 -
Csa03g02663 433 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 231 252 IPR018082 -
Csa03g02663 433 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 311 330 IPR018082 -
Csa03g02663 433 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 333 352 IPR018082 -
Csa03g02663 433 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 375 399 IPR018082 -
Csa03g02663 433 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 404 427 IPR018082 -
Csa03g02663 433 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 62 427 IPR011050 -
Csa03g02663 433 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 40 430 IPR045032 GO:0030570
       

Duplication type information

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Csa03g02663 Csa-Chr3:25266042 Csa05g01868 Csa-Chr5:21944533 0 dispersed
Csa02g00989 Csa-Chr2:9495612 Csa03g02663 Csa-Chr3:25266042 0 wgd
Csa03g01128 Csa-Chr3:8895882 Csa03g02663 Csa-Chr3:25266042 0 wgd
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Csa03g02663 K01728 - csv:101207204 864.759