Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Csa03g02977 ATGCCGATCGATACCTCTGCAATTTCAGGCCAAACTGTGTGCGTCACCGGCGCCGGAGGCTTCATTGCTTCATGGCTTGTAAAGCTTCTTCTTGAGAAGGGATACACTGTTAGAGGAACTGTTAGAAACCCAGATGACCAAAAGAATGCTCATTTGACAAACTTACAAGGAGCTAAAGACAGGCTTTCTTTGTTTAGTGCTGATCTTCTTGATTTTGAAAGCCTACAAGCAGCCATTACCGGTTGTCATGGCGTTTTCCACACCGCCTCTCCGGTCACCGACGACCCTGAAAAAGTGGAACAAGCGATAATCGGAACAAAGAACGTCATGACCGCCGCTGCTGAAGCAAATGTTCGACGAGTGGTGTTCACGTCGTCGATTGGAACTGTCTACATGAACCCTAACCGAAGCCCGGACACGGTGGTGGACGAGTCTTGTTGGAGTGACCTTGAGTTTTGCAAGAATACAAAGAATTGGTATTGCTATGCAAAGACAAAGGCAGAACAAGCAGCGTGGGAAGTAGCAAAAGAAAGAGGAATTGATCTTGTGGTGGTGAATCCAATGTTGGTATTGGGGCCAATGTTGCAGGAAGGAGTGAATGCAAGTGTTGTTCATATGATGAAATACTTGACAGGATCAGCAAAGACATATGTAAATGCAGTACAAGGTTATGTTGATGTTAAGGATGTTGCTAAAGCTCATGTTTTGGTCTATGAAACTCCCTCAGCCTCAGGAAGATATATTTGTGTTGAGAGTATGCTTCATCGTGGTGAATTGGTTGACATTCTTGCCCATTTCTTCCCTCAGTATCCCCTTCCCACCAAGTGTTCTGATGAGGTAAATCCAAGAAAGAAACCTTACAAATACACAGTTGAGAAGCTGATGTCATTGGGAATGGAATTCACACCAATTCAACAATGTATTTATGAAACTGTGAAGAGCCTACAAGAAAAGGGTCATCTTCCACTTCCCTCCCAAATTCAACATTAA 990 43.94 MPIDTSAISGQTVCVTGAGGFIASWLVKLLLEKGYTVRGTVRNPDDQKNAHLTNLQGAKDRLSLFSADLLDFESLQAAITGCHGVFHTASPVTDDPEKVEQAIIGTKNVMTAAAEANVRRVVFTSSIGTVYMNPNRSPDTVVDESCWSDLEFCKNTKNWYCYAKTKAEQAAWEVAKERGIDLVVVNPMLVLGPMLQEGVNASVVHMMKYLTGSAKTYVNAVQGYVDVKDVAKAHVLVYETPSASGRYICVESMLHRGELVDILAHFFPQYPLPTKCSDEVNPRKKPYKYTVEKLMSLGMEFTPIQQCIYETVKSLQEKGHLPLPSQIQH* 330
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
3 28388659 28389987 - CsaV3_3G032830.1 Csa03g02977 523882
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Csa03g02977 329 CDD FR_SDR_e 13 298 - -
Csa03g02977 329 SUPERFAMILY NAD(P)-binding Rossmann-fold domains 6 316 IPR036291 -
Csa03g02977 329 Pfam NAD dependent epimerase/dehydratase family 13 243 IPR001509 -
Csa03g02977 329 Gene3D - 3 329 - -
Csa03g02977 329 PANTHER CINNAMOYL-COA REDUCTASE-LIKE PROTEIN 7 324 - -
Csa03g02977 329 PANTHER NAD DEPENDENT EPIMERASE/DEHYDRATASE 7 324 - -
       

Duplication type information

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Csa03g02977 Csa-Chr3:28388659 Csa03g02979 Csa-Chr3:28400056 0 dispersed
Csa03g02977 Csa-Chr3:28388659 Csa03g02978 Csa-Chr3:28395056 0 tandem
Csa01g02554 Csa-Chr1:22473929 Csa03g02977 Csa-Chr3:28388659 3.21E-97 transposed
Csa03g00681 Csa-Chr3:6027368 Csa03g02977 Csa-Chr3:28388659 6.94E-63 transposed
Csa04g01500 Csa-Chr4:14730580 Csa03g02977 Csa-Chr3:28388659 1.12E-06 transposed
Csa04g02395 Csa-Chr4:24238372 Csa03g02977 Csa-Chr3:28388659 1.23E-17 transposed
Csa04g02741 Csa-Chr4:26310401 Csa03g02977 Csa-Chr3:28388659 1.07E-95 transposed
Csa05g02609 Csa-Chr5:27289716 Csa03g02977 Csa-Chr3:28388659 6.33E-75 transposed
Csa06g00991 Csa-Chr6:8033617 Csa03g02977 Csa-Chr3:28388659 1.87E-78 transposed
Csa03g02977 Csa-Chr3:28388659 Csa07g02102 Csa-Chr7:20253590 0 wgd
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Csa03g02977 K09753 - csv:116401668 668.692