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Sequence information
| Select | Gene | Cds | Cds_length | GC_content | Pep | Pep_length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Csa03g03222 | ATGGAAGAATTAGAGCCTCCGTCAGTAATTACGGCCGCCCTTGCTACCCTCTCTCCGCCGCGTCTCGCCGATCTCTCCCACTCAATTTTCTCCGAGATTCACCAACACCGCCGCCGTCTCACCTTCATTCTCTCTTCCCCTACCCTCTTCTCCCTCACTCTCCGTCACCTCAATTCCCTCTCCCTCTCCCACAAATCTCTCCTCCTCGCCCGTTTCCTCCTCTCCGCCCTCCGCCGCCTCTCCCGCCCCTTCCAGTCACCGTCCAAGCTACTCCCTTACCACCCTTCCACCGCTGCCATCTCCCCTCAAGACCTCGACGCTGCCGTCCTCCTCCTCCTCCTCTGCGAGGTCCGGCAACACAATCCAGCCGCCCTCCGAACTCCGATCACCAAATGGCGTGCGACCCTTTGTAAAATCTACTCCGATTCCCTCTTGACGGTCTCCGGACTCGCCACCGGCGGAGGCGGGGCTTTGATTCCGTACATTGACACGGTGGTGAGGTGTTGGAAATTCGTGGGGTTTGTTGGTAGTTGCGGAGGGAAGGTTCGGAGAGAGGTGGCGGCGTCACCTATGGCGGTGGTGGAGCTACCGTCAGTGGCGGTGGGTGGTGGCGGTGCGGCGGTGGAATGTGTGATATGTAAAGAGGAGATGGGAGAAGGAAGAGACGCGTGTAAATTGCCTTGTGACCACTTATTCCATTGGCTATGTATTTTGCCATGGCTTAGGAAGAGAAACACCTGTCCTTGTTGTAGGTTTCAGCTTCCTACTGATGATGTTTTGGGAGAGATCCAACGTCTATGGGAGATCCTCTTCAAGGTGGGATCCACCATGTGTACATCTGATGGAGATTAA | 852 | 56.34 | MEELEPPSVITAALATLSPPRLADLSHSIFSEIHQHRRRLTFILSSPTLFSLTLRHLNSLSLSHKSLLLARFLLSALRRLSRPFQSPSKLLPYHPSTAAISPQDLDAAVLLLLLCEVRQHNPAALRTPITKWRATLCKIYSDSLLTVSGLATGGGGALIPYIDTVVRCWKFVGFVGSCGGKVRREVAASPMAVVELPSVAVGGGGAAVECVICKEEMGEGRDACKLPCDHLFHWLCILPWLRKRNTCPCCRFQLPTDDVLGEIQRLWEILFKVGSTMCTSDGD* | 284 |
Gff information
| Chromosome | Start | End | Strand | Old_gene | Gene | Num |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 3 | 29644302 | 29645153 | + | CsaV3_3G035280.1 | Csa03g03222 | 524127 |
Annotation information
| Select | Seq ID | Length | Analysis | Description | Start | End | IPR | GO |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Csa03g03222 | 283 | SMART | ring_2 | 210 | 250 | IPR001841 | - | |
| Csa03g03222 | 283 | Gene3D | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) | 203 | 262 | IPR013083 | - | |
| Csa03g03222 | 283 | SUPERFAMILY | RING/U-box | 209 | 257 | - | - | |
| Csa03g03222 | 283 | PANTHER | E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE SGR9, AMYLOPLASTIC | 3 | 280 | - | - | |
| Csa03g03222 | 283 | Pfam | Ring finger domain | 209 | 251 | IPR001841 | - | |
| Csa03g03222 | 283 | ProSiteProfiles | Zinc finger RING-type profile. | 210 | 251 | IPR001841 | - | |
| Csa03g03222 | 283 | PANTHER | E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE PRAJA | 3 | 280 | - | - |
Duplication type information
| Select | Gene1 | Location1 | Gene2 | Location2 | E-value | Duplicated-type |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Csa03g03222 | Csa-Chr3:29644302 | Csa04g01718 | Csa-Chr4:16573547 | 1.08E-13 | dispersed | |
| Csa03g03222 | Csa-Chr3:29644302 | Csa03g03169 | Csa-Chr3:29350629 | 1.59E-14 | transposed |
Pathway information
| Select | Query | KO | Definition | Second KO | KEGG Genes ID | GHOSTX Score |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Csa03g03222 | - | - | csv:101209757 | 516.924 |