Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Csa05g00025 ATGGCTTCGGATCCGAAGGTTCATCTTTTCGAAGAAGTGGCAAAGCACAACAAAACCAAAGATTGCTGGCTTGTTATCTCTGGGAAGGTTTATGATGTAACTCCTTTCATGGAGGATCATCCCGGAGGTGATGAAGTATTATTGTCAGCAACTGGAAAAGATGCCACAAACGATTTCGAAGATGTTGGGCACAGCGATTCAGCAAGAGAAATGATGGACAAATATTACATCGGAGAAATTGATCCTTCAACGGTTCCTTTGAAGAAGATTTTCATTCCATCACAACAATCACAGCACAACCCAGATAAGACACCTGAGTTTGTGATCAAGATCTTGCAGTTTTTGGTTCCCATTTTGATTTTGGGTTTGGCATTTGCTGTTCGACACTACACCAAGAATGAATAA 405 40.99 MASDPKVHLFEEVAKHNKTKDCWLVISGKVYDVTPFMEDHPGGDEVLLSATGKDATNDFEDVGHSDSAREMMDKYYIGEIDPSTVPLKKIFIPSQQSQHNPDKTPEFVIKILQFLVPILILGLAFAVRHYTKNE* 135
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
5 116589 118084 - CsaV3_5G000250.1 Csa05g00025 528412
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Csa05g00025 134 PANTHER CYTOCHROME B5 1 132 - -
Csa05g00025 134 SUPERFAMILY Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain 4 87 IPR036400 -
Csa05g00025 134 SMART Cyt_b5_2 8 81 IPR001199 -
Csa05g00025 134 PANTHER CYTOCHROME B5-LIKE 1 132 - -
Csa05g00025 134 Pfam Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain 11 80 IPR001199 -
Csa05g00025 134 Gene3D - 1 86 IPR036400 -
Csa05g00025 134 ProSitePatterns Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. 36 43 IPR018506 GO:0020037
Csa05g00025 134 PRINTS Cytochrome B5 signature 30 40 IPR001199 -
Csa05g00025 134 PRINTS Cytochrome B5 signature 40 54 IPR001199 -
Csa05g00025 134 PRINTS Cytochrome B5 signature 55 62 IPR001199 -
Csa05g00025 134 PRINTS Cytochrome B5 signature 68 80 IPR001199 -
Csa05g00025 134 ProSiteProfiles Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. 5 81 IPR001199 -
       

Duplication type information

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Csa03g01102 Csa-Chr3:8715763 Csa05g00025 Csa-Chr5:116589 3.66E-66 dispersed
Csa03g02688 Csa-Chr3:25692835 Csa05g00025 Csa-Chr5:116589 3.81E-57 dispersed
Csa05g00025 Csa-Chr5:116589 Csa06g02086 Csa-Chr6:18617774 1.35E-32 dispersed
Csa06g00093 Csa-Chr6:619820 Csa05g00025 Csa-Chr5:116589 2.80E-11 transposed
Csa06g00897 Csa-Chr6:7204282 Csa05g00025 Csa-Chr5:116589 5.48E-43 transposed
Csa03g00777 Csa-Chr3:6794685 Csa05g00025 Csa-Chr5:116589 1.44E-50 wgd
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Csa05g00025 K23490 - csv:101207109 277.715