Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Csa05g00222 ATGGCTTCGAAACGGATCTTGAAAGAGCTCAAGGATCTCCAGAAAGATCCTCCTACGTCTTGCAGTGCAGGCCCAGTAGCTGAAGACATGTTCCATTGGCAAGCAACAATTATGGGCCCTCCTGACAGTCCTTATGCAGGAGGAGTGTTTCTTGTCAACATTCATTTCCCTCCAGATTATCCGTTTAAACCACCCAAGGTTGCATTCAGAACAAAGGTCTTTCATCCCAATATCAACAGCAATGGTAGCATATGCCTCGACATACTTAAGGAGCAGTGGAGTCCTGCACTAACCATTTCCAAGGTGTTACTTTCGATCTGCTCGCTGCTAACGGACCCAAATCCTGATGATCCTTTGGTGCCAGAGATTGCACACATGTACAAGACTGACAGAAGCAAGTACGAAGCAACTGCCAGAAGCTGGACCCAGAAATATGCTATGGGTTAG 447 46.76 MASKRILKELKDLQKDPPTSCSAGPVAEDMFHWQATIMGPPDSPYAGGVFLVNIHFPPDYPFKPPKVAFRTKVFHPNINSNGSICLDILKEQWSPALTISKVLLSICSLLTDPNPDDPLVPEIAHMYKTDRSKYEATARSWTQKYAMG* 149
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
5 1325359 1332231 - CsaV3_5G002220.1 Csa05g00222 528609

Annotation

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Csa05g00222 148 ProSitePatterns Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. 74 89 IPR023313 -
Csa05g00222 148 PANTHER BNAA01G32320D PROTEIN 3 145 - -
Csa05g00222 148 SUPERFAMILY UBC-like 2 147 IPR016135 -
Csa05g00222 148 Pfam Ubiquitin-conjugating enzyme 5 141 IPR000608 -
Csa05g00222 148 ProSiteProfiles Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. 1 147 IPR000608 -
Csa05g00222 148 Gene3D Ubiquitin Conjugating Enzyme 1 148 IPR016135 -
Csa05g00222 148 SMART ubc_7 4 147 - -
Csa05g00222 148 CDD UBCc 3 142 IPR000608 -
Csa05g00222 148 PANTHER UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 3 145 - -
       

Pathway

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Csa05g00222 K06689 UBE2D, UBC4, UBC5; ubiquitin-conjugating enzyme E2 D [EC:2.3.2.23] - csv:101210687 313.538
       

Dupl-types

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Csa03g02182 Csa-Chr3:18947625 Csa05g00222 Csa-Chr5:1325359 2.40E-108 dispersed
Csa05g00222 Csa-Chr5:1325359 Csa06g01122 Csa-Chr6:9320179 7.78E-108 dispersed
Csa01g00023 Csa-Chr1:152752 Csa05g00222 Csa-Chr5:1325359 1.19E-42 transposed
Csa01g02391 Csa-Chr1:21187658 Csa05g00222 Csa-Chr5:1325359 8.10E-31 transposed
Csa03g02799 Csa-Chr3:26850658 Csa05g00222 Csa-Chr5:1325359 1.74E-17 transposed
Csa04g00542 Csa-Chr4:3601439 Csa05g00222 Csa-Chr5:1325359 6.75E-22 transposed
Csa04g01323 Csa-Chr4:13577878 Csa05g00222 Csa-Chr5:1325359 1.59E-57 transposed
Csa05g01991 Csa-Chr5:23217540 Csa05g00222 Csa-Chr5:1325359 1.65E-08 transposed
Csa04g00804 Csa-Chr4:5636760 Csa05g00222 Csa-Chr5:1325359 3.16E-48 transposed
Csa04g01703 Csa-Chr4:16420288 Csa05g00222 Csa-Chr5:1325359 4.35E-108 transposed
Csa07g01317 Csa-Chr7:13067239 Csa05g00222 Csa-Chr5:1325359 4.29E-99 transposed
Csa05g00072 Csa-Chr5:368803 Csa05g00222 Csa-Chr5:1325359 5.02E-108 wgd
       

Deco-Alignment

Select Vvi1 Blo1 Blo2 Bda1 Bda2 Bpe1 Bpe2 Bma1 Bma2 Cmo1 Cmo2 Cma1 Cma2 Car1 Car2 Sed1 Cpe1 Cpe2 Bhi1 Tan1 Cmetu1 Lac1 Hepe1 Mch1 Lcy1 Cla1 Cam1 Cec1 Cco1 Clacu1 Cmu1 Cre1 Cone1 Cone2 Cone3 Cone4 Lsi1 Csa1 Chy1 Cme1 Blo3 Blo4 Bda3 Bda4 Bpe3 Bpe4 Bma3 Bma4 Sed2 Cmo3 Cmo4 Cma3 Cma4 Car3 Car4 Cpe3 Cpe4 Bhi2 Tan2 Cmetu2 Lac2 Hepe2 Mch2 Lcy2 Cla2 Cam2 Cec2 Cco2 Clacu2 Cmu2 Cre2 Lsi2 Csa2 Chy2 Cme2
Vvi2g99 Blo02g01137 . . Bda08g00487 Bpe05g00677 . . . . . . . Car02g01180 . . . Cpe05g00618 . . . . . . . . . . . . . . . Cone12ag0264 Cone6ag0831 Cone9ag0830 . Csa05g00222 Chy09g01278 . . . Bda07g01917 . . . Bma05g00850 . . Cmo02g01437 . . . . . . Cpe13g00124 Bhi12g00166 . . Lac11g2026 Hepe06g1497 . Lcy12g1590 . . . . . . . Lsi09g00193 . . Cme09g01822
       

Syn-Orthogroups

Select Orthogroup Bda Bhi Blo Bma Bpe Cam Car Cco Cec Chy Cla Clacu Cma Cme Cmetu Cmo Cmu Cone Cpe Cre Csa HCH Hepe Lac Lcy Lsi Mch Sed Tan Vvi Total
OG0000093 10 14 5 8 10 8 7 6 4 8 8 6 9 8 9 10 7 11 12 3 8 8 10 7 4 8 8 13 15 7 251
       

Transcriptome

Select Gene Chr Type da1 da2 da3 da4 da5 da6 da7 da8 da9 da10
Csa05g00222 Csa_Chr05 FPKM 3.314274 3.260057 1.870238 2.25139 4.151971 4.260473 4.685546 5.951694 7.51876 7.777008