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Sequence information
| Select | Gene | Cds | Cds_length | GC_content | Pep | Pep_length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Csa05g00260 | ATGGGTTTCCCTGCAACTTACACTGAGCTTCTTCTCCCTAAGCTCTTCATCCATTTACTCTCCTTCCTCGGCTTTCTCCGTAAGCTTATCTCCTTCATCTTCCGTCTCTTTGGCCTCCAAGATTTCCTCGAACCCGACATTCCTTGGCCCAATCCCCCCGATTCCTTTCCCACTTCTCCCTTCACCCATCTCGATCCTCTCTCCGCTGCCCTTCTCCGTGAGATTCTCCCCGTCGTCAAGTTTTCCGACCTTCTCGACCCACCTGACTGCTGCGCTGTTTGTCTCTACGAGTTCGAGTCCGACGATGAGATCCGCCGTCTCGCTAACTGCCGTCACATCTTCCACCGTGGATGCCTCGATCGATGGATCGGTTACGGTCAGAGAACCTGCCCGCTGTGCAGAACTGTGTTTATTCCTCCTGATTTGAGAAGTGGTGGTGGTTGTAATTTTGATGATAGACTTTGGGAAGATTCCGAAATCTTTGAACCTCTTCACTCCGATTCTTCTTCTTCAAATCTTCTCTCAACCGATGGTTTGTAG | 540 | 50.56 | MGFPATYTELLLPKLFIHLLSFLGFLRKLISFIFRLFGLQDFLEPDIPWPNPPDSFPTSPFTHLDPLSAALLREILPVVKFSDLLDPPDCCAVCLYEFESDDEIRRLANCRHIFHRGCLDRWIGYGQRTCPLCRTVFIPPDLRSGGGCNFDDRLWEDSEIFEPLHSDSSSSNLLSTDGL* | 180 |
Gff information
| Chromosome | Start | End | Strand | Old_gene | Gene | Num |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 5 | 1582398 | 1584667 | + | CsaV3_5G002600.1 | Csa05g00260 | 528647 |
Annotation information
| Select | Seq ID | Length | Analysis | Description | Start | End | IPR | GO |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Csa05g00260 | 179 | PANTHER | BNAA09G11240D PROTEIN | 1 | 158 | - | - | |
| Csa05g00260 | 179 | CDD | RING-H2 | 91 | 134 | - | - | |
| Csa05g00260 | 179 | Gene3D | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) | 85 | 137 | IPR013083 | - | |
| Csa05g00260 | 179 | PANTHER | RING ZINC FINGER PROTEIN-RELATED | 1 | 158 | - | - | |
| Csa05g00260 | 179 | Pfam | Ring finger domain | 90 | 134 | IPR001841 | - | |
| Csa05g00260 | 179 | ProSiteProfiles | Zinc finger RING-type profile. | 91 | 134 | IPR001841 | - | |
| Csa05g00260 | 179 | SUPERFAMILY | RING/U-box | 76 | 140 | - | - | |
| Csa05g00260 | 179 | SMART | ring_2 | 91 | 133 | IPR001841 | - |
Duplication type information
| Select | Gene1 | Location1 | Gene2 | Location2 | E-value | Duplicated-type |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Csa05g00260 | Csa-Chr5:1582398 | Csa06g01791 | Csa-Chr6:15832718 | 7.24E-13 | dispersed | |
| Csa07g00240 | Csa-Chr7:1884966 | Csa05g00260 | Csa-Chr5:1582398 | 3.61E-11 | dispersed | |
| Csa03g00878 | Csa-Chr3:7325848 | Csa05g00260 | Csa-Chr5:1582398 | 2.80E-44 | wgd | |
| Csa05g00260 | Csa-Chr5:1582398 | Csa06g00080 | Csa-Chr6:503623 | 7.33E-21 | wgd |
Pathway information
| Select | Query | KO | Definition | Second KO | KEGG Genes ID | GHOSTX Score |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Csa05g00260 | K16281 | - | csv:101215533 | 359.377 |