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Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Csa05g00504 ATGAGGAAACTTTCAGAAAAAAGTTCAGTTGTATTATTTTGTGTGTTATGCATGATGCTGCTTCTCCCATTTTGTTTCTCCATAACTGCAGCAGCTTGCATCCAAAAGGAGGGTGAAGCTCTTCTTCAATTCAAGAATAGTTTCTATAAAGATCCTTCTTATCCTTTGGCTTCGTGGAATAATGGAACTGATTGCTGTAGTTGGAAAGGAGTGGGTTGCAATCAAATTACTGGACATGTTACTATCATTAATCTTCGACACGATTATGAGGTTAACTTCTACTCATCACGTTTATATAGCAATAATTCCATTGATTCTAGTTTGCTTGAGTTGAAATACTTAAATTACTTGGATTTAAGTGGGAACTACTTCAACAATATTCAAATCCCAAACTTTTTAGGTTCAATGGTTGAATTAACATATCTTAATCTTTCTCAAGCATCCTTTTCCGGAAAAGTTCCCCCTCAATTGGGAAATCTAACTAAATTGAATGCTCTTGATTTATCATATAATTGGGTGGAAGCCAATGGTGATGTTGAATGGATATCTCACCTTTCATCCTTACAGTTCCTTGGCTTGACTTACGTGGACTTCTCAAAATCTTTGAATTTGATGCAAGTACTAAGTTCTCTTCCTATGTTGTCATCTTTAAGATTGAGTAATTGTAGCCTTCAAAACATCCATTTCTCTCTGAGTTTCTTAAATTATTCTACATTTCTCAGCAGAGTTCAACTGTTAGACTTATCTGACAATCAGTTAAGTGGTCCAATTCCTAAGGCTTTTCAAAATATGTCTTCCTTGAATTTATTAAACCTTTCTGGAAATAAGTTTACTGCTATTGAAGGTGGACTCTACAATTCCTTCATCGGAAACAATTGTGGTCTAAAAGAAATTGATTTTTCAGCGAACTTTGATCTTGACGTAGATTTGTTTGGAACTTATGAGAATGAATCTATGGATTGCATCAATGGATATGATCTTCAAGTGCTTAAGTTAAGAGGTATACCTATGAAAACCAGAATCCCAATAGATTGGTTGGGAAAGTTCAAAAACTTGAAGTGCATTGATCTTTCATACTGTAAGATTCATGGTTCAATTCCAGCTTCACTTGGAAATTTATCCAACATTGAATATTTAGATCTTTCAAACAATGTTTTAACTGGAGAAATTCCAGCCTCGTTGGGAAGCTTATTATTGAATTTGAAGGTATTAGATCTATCAAGCAACTCACTCAAAGGTGTTCTTATAGAAGCTCATTTTGTGAATCTTTCAAAGTTGCATACTTTATACTTGAGCTACAATGAGCTTATTTCATTGGACATGAAACCTAATTGGATTCCTCCATTTCAATTAAAAAAACTCGATATAGGCTCATGTATTGGTAGTTATGAAAGTGAGTTCCCTCCATGGCTTCAGACCCAAAAAGCACTTGATGAATTGTGGTTATCTAACACAAGTCTTTCAATTAGTTGTTTACCAACATGGTTCACACCACAAGTCCTCACCACTTTGGATCTTTCCTACAACCAAATAGTTGGACCGGTTTTTATCAGTATTGCCAATCAAGTGCCCAATTTAGAAGCCTTGTATCTCAATAATAACCTTATAAATGATTCTTTACAACCCACAATTTGCAAATTGAAGAGTTTGAGCATTTTGGATCTTTCTAACAATAGGCTATTTGGGATTGTTCAAGGTTGTTTGTTGACTCCGAATTTGAATATTTTGGATTTGTCGTCCAACAACTTCTCAGGCACGTTTCCATATTCACATGGAAATCTTCCTTGGATTAATGAACTATTCTTAAGAAACAATAATTTTGAAGGATCTATGCCAATTGTATTGAAGAGTGCCAAATATTTGAAAATTTTAGAACTGGAAGGTAACAAATTCTCAGGAAACATACCTTCATGGGTAGGGGACAATCTTCAAAGTTTGCAAGTTCTAAGACTACGAAGTAATTTGTTCAATGGTACTATTCCTGCAAGTCTATGCAATCTTCCCGATTTGCAAATTTTGGATCTTGCACATAACCAATTGGATGGAAGTATCCCACCAAATCTCAACAATCTCAAAGGAATGATAACAAGAAAAAGCATGCAAGGATACACTCGAGTTTGTTGGCGTAGGTTATGCTTGGATAATGAAAAAGATGTGGTACAATCTATCAAATCAAGCTTCTTCAATTACACCAGGTTACAACTATGGTTGTTGGTGAATATAGATCTATCCAATAACTCTTTGACGGGTTTCATTTCAAGTGAGATAACAATGCTTAAAGGGTTGATTGGATTGAATTTGTCTCACAACAATTTAATGGGGGCAATTCCTACTACGATTGGAGAAATGGAGTCATTAGAATCACTCGACCTATCTTTCAATCAATTTTCTGGACCAATTCCTCATACCTTATCAAATTTAAATTCGTTAGGAAAATTGATATTGTCCCACAATAATCTCTCTGGTCACGTTCCTCGAGAAGGTCATCTCTCAACATTTAACGAGGTTTCAAGTTTTGAAGGCAATCCATATCTATGTGGAGACCCGCTTCCAATCCAATGCGCGAGTTTGAATCCATTTAAGCCGATATTAGAAAAGATTGACGATCAAAATGAAGATGAGAACTACGAAAAGTGGATGCTTTACGTTATGATAATTCTTGGATTTGTAGTTGGATTTTGGACAGTTATAGGAAGTTTAATACTGAAGACAAGGTGGAGACATGCTTATTTCAAGTTCGTGGATGAGGCTGTACTTACAATGTTCATCCAACAATTTGAAAAGCTTAAAGGAATCGGCATTTTCAAATGGTTTAGGTATAATGCTACACAAAAATATGAACAAGAACATTAA 2853 35.05 MRKLSEKSSVVLFCVLCMMLLLPFCFSITAAACIQKEGEALLQFKNSFYKDPSYPLASWNNGTDCCSWKGVGCNQITGHVTIINLRHDYEVNFYSSRLYSNNSIDSSLLELKYLNYLDLSGNYFNNIQIPNFLGSMVELTYLNLSQASFSGKVPPQLGNLTKLNALDLSYNWVEANGDVEWISHLSSLQFLGLTYVDFSKSLNLMQVLSSLPMLSSLRLSNCSLQNIHFSLSFLNYSTFLSRVQLLDLSDNQLSGPIPKAFQNMSSLNLLNLSGNKFTAIEGGLYNSFIGNNCGLKEIDFSANFDLDVDLFGTYENESMDCINGYDLQVLKLRGIPMKTRIPIDWLGKFKNLKCIDLSYCKIHGSIPASLGNLSNIEYLDLSNNVLTGEIPASLGSLLLNLKVLDLSSNSLKGVLIEAHFVNLSKLHTLYLSYNELISLDMKPNWIPPFQLKKLDIGSCIGSYESEFPPWLQTQKALDELWLSNTSLSISCLPTWFTPQVLTTLDLSYNQIVGPVFISIANQVPNLEALYLNNNLINDSLQPTICKLKSLSILDLSNNRLFGIVQGCLLTPNLNILDLSSNNFSGTFPYSHGNLPWINELFLRNNNFEGSMPIVLKSAKYLKILELEGNKFSGNIPSWVGDNLQSLQVLRLRSNLFNGTIPASLCNLPDLQILDLAHNQLDGSIPPNLNNLKGMITRKSMQGYTRVCWRRLCLDNEKDVVQSIKSSFFNYTRLQLWLLVNIDLSNNSLTGFISSEITMLKGLIGLNLSHNNLMGAIPTTIGEMESLESLDLSFNQFSGPIPHTLSNLNSLGKLILSHNNLSGHVPREGHLSTFNEVSSFEGNPYLCGDPLPIQCASLNPFKPILEKIDDQNEDENYEKWMLYVMIILGFVVGFWTVIGSLILKTRWRHAYFKFVDEAVLTMFIQQFEKLKGIGIFKWFRYNATQKYEQEH* 951
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
5 3253872 3257459 + CsaV3_5G005040.1 Csa05g00504 528891

Annotation

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Csa05g00504 950 Gene3D Ribonuclease Inhibitor 312 398 IPR032675 -
Csa05g00504 950 Pfam Leucine rich repeat N-terminal domain 36 74 IPR013210 -
Csa05g00504 950 Pfam Leucine rich repeat 738 796 IPR001611 GO:0005515
Csa05g00504 950 Pfam Leucine rich repeat 621 680 IPR001611 GO:0005515
Csa05g00504 950 Gene3D Ribonuclease Inhibitor 399 859 IPR032675 -
Csa05g00504 950 Gene3D Ribonuclease Inhibitor 32 311 IPR032675 -
Csa05g00504 950 SUPERFAMILY L domain-like 32 303 - -
Csa05g00504 950 SMART LRR_sd22_2 398 425 - -
Csa05g00504 950 SMART LRR_sd22_2 240 266 - -
Csa05g00504 950 SMART LRR_sd22_2 498 521 - -
Csa05g00504 950 SMART LRR_sd22_2 547 565 - -
Csa05g00504 950 SMART LRR_sd22_2 667 690 - -
Csa05g00504 950 SMART LRR_sd22_2 349 375 - -
Csa05g00504 950 SMART LRR_sd22_2 783 809 - -
Csa05g00504 950 ProSiteProfiles Leucine-rich repeat profile. 669 692 IPR001611 GO:0005515
Csa05g00504 950 Pfam Leucine Rich repeat 500 511 IPR001611 GO:0005515
Csa05g00504 950 SMART LRR_typ_2 783 807 IPR003591 -
Csa05g00504 950 SMART LRR_typ_2 211 235 IPR003591 -
Csa05g00504 950 SMART LRR_typ_2 643 666 IPR003591 -
Csa05g00504 950 SMART LRR_typ_2 667 691 IPR003591 -
Csa05g00504 950 SMART LRR_typ_2 547 570 IPR003591 -
Csa05g00504 950 SMART LRR_typ_2 264 287 IPR003591 -
Csa05g00504 950 SMART LRR_typ_2 423 448 IPR003591 -
Csa05g00504 950 SMART LRR_typ_2 398 419 IPR003591 -
Csa05g00504 950 SMART LRR_typ_2 523 546 IPR003591 -
Csa05g00504 950 SMART LRR_typ_2 373 397 IPR003591 -
Csa05g00504 950 SMART LRR_typ_2 240 263 IPR003591 -
Csa05g00504 950 ProSiteProfiles Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. 1 33 - -
Csa05g00504 950 PANTHER LRR RECEPTOR-LIKE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE GSO1 242 413 - -
Csa05g00504 950 PANTHER LRR RECEPTOR-LIKE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE GSO1 11 238 - -
Csa05g00504 950 PANTHER LRR RECEPTOR-LIKE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE GSO1 411 496 - -
Csa05g00504 950 PANTHER LRR RECEPTOR-LIKE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE GSO1 501 925 - -
Csa05g00504 950 PRINTS Leucine-rich repeat signature 401 414 - -
Csa05g00504 950 PRINTS Leucine-rich repeat signature 547 560 - -
Csa05g00504 950 SUPERFAMILY L domain-like 324 610 - -
Csa05g00504 950 ProSiteProfiles Leucine-rich repeat profile. 549 570 IPR001611 GO:0005515
Csa05g00504 950 PANTHER LRR RECEPTOR-LIKE KINASE 411 496 - -
Csa05g00504 950 PANTHER LRR RECEPTOR-LIKE KINASE 11 238 - -
Csa05g00504 950 PANTHER LRR RECEPTOR-LIKE KINASE 501 925 - -
Csa05g00504 950 PANTHER LRR RECEPTOR-LIKE KINASE 242 413 - -
Csa05g00504 950 Pfam Leucine Rich Repeat 375 397 IPR001611 GO:0005515
Csa05g00504 950 Pfam Leucine Rich Repeat 244 264 IPR001611 GO:0005515
Csa05g00504 950 Pfam Leucine Rich Repeat 400 422 IPR001611 GO:0005515
Csa05g00504 950 SUPERFAMILY L domain-like 571 851 - -
       

Pathway

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Csa05g00504 - - - csv:101219648 1874.37
       

Dupl-types

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Csa05g00504 Csa-Chr5:3253872 Csa05g00531 Csa-Chr5:3398532 0 dispersed
Csa05g00512 Csa-Chr5:3302221 Csa05g00504 Csa-Chr5:3253872 1.27E-21 dispersed
Csa05g00503 Csa-Chr5:3246324 Csa05g00504 Csa-Chr5:3253872 2.68E-10 tandem
Csa05g00504 Csa-Chr5:3253872 Csa05g00505 Csa-Chr5:3261414 0 tandem
       

Deco-Alignment

Select Vvi1 Blo1 Blo2 Bda1 Bda2 Bpe1 Bpe2 Bma1 Bma2 Cmo1 Cmo2 Cma1 Cma2 Car1 Car2 Sed1 Cpe1 Cpe2 Bhi1 Tan1 Cmetu1 Lac1 Hepe1 Mch1 Lcy1 Cla1 Cam1 Cec1 Cco1 Clacu1 Cmu1 Cre1 Cone1 Cone2 Cone3 Cone4 Lsi1 Csa1 Chy1 Cme1 Blo3 Blo4 Bda3 Bda4 Bpe3 Bpe4 Bma3 Bma4 Sed2 Cmo3 Cmo4 Cma3 Cma4 Car3 Car4 Cpe3 Cpe4 Bhi2 Tan2 Cmetu2 Lac2 Hepe2 Mch2 Lcy2 Cla2 Cam2 Cec2 Cco2 Clacu2 Cmu2 Cre2 Lsi2 Csa2 Chy2 Cme2
Vvi16g698 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Csa05g00504 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
       

Syn-Orthogroups

Select Orthogroup Bda Bhi Blo Bma Bpe Cam Car Cco Cec Chy Cla Clacu Cma Cme Cmetu Cmo Cmu Cone Cpe Cre Csa HCH Hepe Lac Lcy Lsi Mch Sed Tan Vvi Total
OG0000277 0 6 1 0 0 5 0 8 6 10 5 6 1 10 13 10 5 0 1 5 7 4 4 5 7 8 5 6 5 0 143
       

Transcriptome

Select Gene Chr Type da1 da2 da3 da4 da5 da6 da7 da8 da9 da10
Csa05g00504 Csa_Chr05 FPKM 33.571117 34.611809 21.250381 21.406858 40.044365 34.466869 38.760296 23.014435 23.727398 22.366678