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Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Csa05g00532 ATGAGAAATAAATGTGGCCTAGAAGTATTTGATTTTTCCCACAACTTTTATTTCGGTGGAGATGTGTTTGGAAGTAGTTATGAGAATGAATCTATGGATTGTAGCAATGGATATCATCTTCAAGTGCTTAACTTACAATTTACATCTATAAAAACCGAAATTCCAGATTGGTTGAAAAAGTTCAAAAACTTAAAGTCCCTTAACCTTTATAACAGTAGCATTCATGGTCCAGTTCCTAATTGGCTTGGAAATTTATCAAGCCTTGAATATTTAGATCTTTCAGAAAATGCTTTAATCGGAGCAATTCCAACCGCAATTGGAGGATTATTAAACTTGAGAGAGTTACATCTTTCAAAAAATAGATTGGAGGGGGTGAGCGACGAATGCTTTATGCAACTTGAAAAGTTGGAGTTGTTAGATATATCAAAAAACTTGTTCATCAAAGTCGTTCTTACAGAAGCTACTTTTGCAAATCTCTCTCGTTTAGATACCTTAGTGATTGGCCACAATGAGCATCTTTCATTGGACATAGATCCTAACTGGATTCCTCCTTTTCAATTAAAATTGCTTGCTGCAGACTCATGTATTCACTGTTTTGGAAGTGAATTCCCTCCATGGCTTCAAAACCAAAAGTCATTGATTAGTTTACTTTTGTCCAATTTGAGTATCTCAAGTGCTATACCAACATGGTTGGCACCACAAAATCTCACCACTTTGGATCTTTCCCACAACAAATTGAGTGGACCAATTTTTACCAGAATTGTCGATCAAATGCCTGAGTTGGACGAGTTAATTCTCAATGATAATCTTATCAACGATTCTTTATTATCTTCACTCTGCCAATTGAACAATTTGTACTTTTTGGATCTTTCAAATAATAGGTTAACTGGAATTCTTCAAGCTTGTTTGTTGACTCCATATTTGACATATTTGGATTTGTCCTCAAACAACTTTTCTGGGACCTTTCCAAATTTTGGTAATCTTGGTGGTATTCAACAACTATACTTGAGCAACAATAATTTTGAGGGATCCATGCCAATTTTATTGAAGAATGCTCAATTGTTGGATACATTAGATCTGGAAGGAAATAAGTTCTTTGGAAATATTCCAACATGGGTAGGAAATAATCTTGAAAGGCTGGAATTGTTAATACTACGAGGTAATTTGTTCAATGGTACTATTCCTTCAACTCTATGCAAACTCAGTAACCTGCGGATATTGGATCTTGCACACAATCAATTAGAAGGAGGCATTCCACCAAATCTCAGCAACTTCGATGTAATGACGGGAGGAAGAAAAACAAATGGTTATTACACCATTTGTAGAAGTAGTTTAATTTGCATTGATAGTGATACAAAATATTTAGTACAACGCATCAAATCAAGTGATTTAAATTACTCTATGGAACAACTAAAAATGTTTTTGGTAAATATAGACCTCTCCGGAAATCATTTGGTTGGATCAATTCCAAGTGACATAATTCAGCTTAAAGGATTATTTGGATTGAATTTGTCCCACAATAACCTAACTGGGACAATTCCTGCAGAAATAGGAGAAATGGGGGTGTTAGAATCACTCGACTTATCTTTCAACCAACTTTCAGGACCAATTCCTAGAAGCATATCAAAACTAAGTAAATTAGGCGTGTTGATATTATCTCACAACAATCTTTCCGGAGAAATTCCTCGCGAAGGTCATCTCTCGACATTCAACGAAGCTTCAAGCTTTGATGACAATCCATATCTATGTGGGAATCCACTTCCAACCAAATGTGCAATTGAGAATTCATCTAAGCGACCAATGAAAAATATTGACAATCCAGATCAAGAGGAAGATAAATGGGAGAAGTGGTTGCTTTACATAATGATAGCCCTCGGATATATAATTGGATTTTGGGGTGTTGTTGGAAGTTTAATATTGAAGAAAAGTTGGAGAGAAAGATATTTCAAGTTTGTGGAGAATGCTTGTTACAAAGTTGATGCAGCAACTAGGAGGAGCATACAATTGCTTAAAGAACGAATCTCCATGCGAATGAGTTAG 2040 35.39 MRNKCGLEVFDFSHNFYFGGDVFGSSYENESMDCSNGYHLQVLNLQFTSIKTEIPDWLKKFKNLKSLNLYNSSIHGPVPNWLGNLSSLEYLDLSENALIGAIPTAIGGLLNLRELHLSKNRLEGVSDECFMQLEKLELLDISKNLFIKVVLTEATFANLSRLDTLVIGHNEHLSLDIDPNWIPPFQLKLLAADSCIHCFGSEFPPWLQNQKSLISLLLSNLSISSAIPTWLAPQNLTTLDLSHNKLSGPIFTRIVDQMPELDELILNDNLINDSLLSSLCQLNNLYFLDLSNNRLTGILQACLLTPYLTYLDLSSNNFSGTFPNFGNLGGIQQLYLSNNNFEGSMPILLKNAQLLDTLDLEGNKFFGNIPTWVGNNLERLELLILRGNLFNGTIPSTLCKLSNLRILDLAHNQLEGGIPPNLSNFDVMTGGRKTNGYYTICRSSLICIDSDTKYLVQRIKSSDLNYSMEQLKMFLVNIDLSGNHLVGSIPSDIIQLKGLFGLNLSHNNLTGTIPAEIGEMGVLESLDLSFNQLSGPIPRSISKLSKLGVLILSHNNLSGEIPREGHLSTFNEASSFDDNPYLCGNPLPTKCAIENSSKRPMKNIDNPDQEEDKWEKWLLYIMIALGYIIGFWGVVGSLILKKSWRERYFKFVENACYKVDAATRRSIQLLKERISMRMS* 680
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
5 3404889 3406928 - CsaV3_5G005320.1 Csa05g00532 528919

Annotation

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Csa05g00532 679 PRINTS Leucine-rich repeat signature 285 298 - -
Csa05g00532 679 PRINTS Leucine-rich repeat signature 401 414 - -
Csa05g00532 679 ProSiteProfiles Leucine-rich repeat profile. 111 132 IPR001611 GO:0005515
Csa05g00532 679 PANTHER LRR RECEPTOR-LIKE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE FLS2-RELATED 7 664 - -
Csa05g00532 679 Gene3D Ribonuclease Inhibitor 152 599 IPR032675 -
Csa05g00532 679 SUPERFAMILY L domain-like 8 299 - -
Csa05g00532 679 Pfam Leucine Rich repeat 306 320 IPR001611 GO:0005515
Csa05g00532 679 Pfam Leucine Rich repeat 234 248 IPR001611 GO:0005515
Csa05g00532 679 SMART LRR_typ_2 85 108 IPR003591 -
Csa05g00532 679 SMART LRR_typ_2 544 567 IPR003591 -
Csa05g00532 679 SMART LRR_typ_2 133 158 IPR003591 -
Csa05g00532 679 SMART LRR_typ_2 109 132 IPR003591 -
Csa05g00532 679 SMART LRR_typ_2 496 520 IPR003591 -
Csa05g00532 679 SMART LRR_typ_2 401 425 IPR003591 -
Csa05g00532 679 SMART LRR_typ_2 328 351 IPR003591 -
Csa05g00532 679 SMART LRR_typ_2 282 305 IPR003591 -
Csa05g00532 679 Pfam Leucine rich repeat 475 533 IPR001611 GO:0005515
Csa05g00532 679 Pfam Leucine rich repeat 111 170 IPR001611 GO:0005515
Csa05g00532 679 Pfam Leucine rich repeat 355 414 IPR001611 GO:0005515
Csa05g00532 679 Pfam Leucine rich repeat 39 98 IPR001611 GO:0005515
Csa05g00532 679 SUPERFAMILY L domain-like 235 579 - -
Csa05g00532 679 ProSiteProfiles Leucine-rich repeat profile. 284 305 IPR001611 GO:0005515
Csa05g00532 679 PANTHER RECEPTOR-LIKE PROTEIN 2 ISOFORM X1 7 664 - -
Csa05g00532 679 SMART LRR_sd22_2 520 546 - -
Csa05g00532 679 SMART LRR_sd22_2 109 127 - -
Csa05g00532 679 SMART LRR_sd22_2 401 427 - -
Csa05g00532 679 SMART LRR_sd22_2 282 301 - -
Csa05g00532 679 SMART LRR_sd22_2 233 263 - -
Csa05g00532 679 Gene3D Ribonuclease Inhibitor 22 151 IPR032675 -
       

Pathway

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Csa05g00532 - - - csv:101212393 1300.42
       

Dupl-types

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Csa01g03046 Csa-Chr1:26526535 Csa05g00532 Csa-Chr5:3404889 4.09E-06 dispersed
Csa03g01938 Csa-Chr3:15258427 Csa05g00532 Csa-Chr5:3404889 3.45E-06 dispersed
Csa05g00532 Csa-Chr5:3404889 Csa05g00582 Csa-Chr5:3819387 0 dispersed
Csa05g00531 Csa-Chr5:3398532 Csa05g00532 Csa-Chr5:3404889 2.95E-28 tandem
       

Deco-Alignment

Select Vvi1 Blo1 Blo2 Bda1 Bda2 Bpe1 Bpe2 Bma1 Bma2 Cmo1 Cmo2 Cma1 Cma2 Car1 Car2 Sed1 Cpe1 Cpe2 Bhi1 Tan1 Cmetu1 Lac1 Hepe1 Mch1 Lcy1 Cla1 Cam1 Cec1 Cco1 Clacu1 Cmu1 Cre1 Cone1 Cone2 Cone3 Cone4 Lsi1 Csa1 Chy1 Cme1 Blo3 Blo4 Bda3 Bda4 Bpe3 Bpe4 Bma3 Bma4 Sed2 Cmo3 Cmo4 Cma3 Cma4 Car3 Car4 Cpe3 Cpe4 Bhi2 Tan2 Cmetu2 Lac2 Hepe2 Mch2 Lcy2 Cla2 Cam2 Cec2 Cco2 Clacu2 Cmu2 Cre2 Lsi2 Csa2 Chy2 Cme2
Vvi16g535 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Cla01g00475 Cam01g0494 Cec01g0484 Cco01g0505 Clacu01g0493 Cmu01g0469 Cre09g2041 . . . . . Csa05g00532 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Lsi09g00509 . . Cme09g01509
Vvi16g673 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Csa05g00532 Chy09g01010 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
       

Syn-Orthogroups

Select Orthogroup Bda Bhi Blo Bma Bpe Cam Car Cco Cec Chy Cla Clacu Cma Cme Cmetu Cmo Cmu Cone Cpe Cre Csa HCH Hepe Lac Lcy Lsi Mch Sed Tan Vvi Total
OG0000277 0 6 1 0 0 5 0 8 6 10 5 6 1 10 13 10 5 0 1 5 7 4 4 5 7 8 5 6 5 0 143
       

Transcriptome

Select Gene Chr Type da1 da2 da3 da4 da5 da6 da7 da8 da9 da10
Csa05g00532 Csa_Chr05 FPKM 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0