Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Csa05g02422 ATGCATACACTTAGCCTGCTGCTAACATTGTCCTTGCTGGCTACTACTGCATTTGCTGACATTGGAGACTTCGATGACTACTGGAAAGCACGTGCTGCCGCCGCCGAAAAAGCTGCTGCTGACGCCTATGATCCTGATCCTGAGACCGTCGCCAACTCCGTCAATGCTGAAATTGCCCACGCATCGAGTGGAAGGAACAGTACAAGGAGGAATTTGAAGAAATATGCAGGGCCATGTCTAGCCACTAATCCCATCGATCGATGCTGGAGATGTGACCCTAATTGGGCCCAGAACAGGAAGAAGCTAGCCGATTGTGTTCTGGGTTTTGGCCGCAAGACCACTGGTGGAAAGTTGGGTCCATACTATGTCGTTAACGACTCGTCAGATTCGGACCTCATGAACCCAAAACCTGGGACTCTTCGTCATGCTGTGATCCAAAAGGGACCTCTGTGGATCATCTTCTCTACCAACATGGCCATTAGGCTCTCTCAGGAGCTCATCATGACTAGCGACAAGACCATTGATGCAAGAGGTGCTAATGTTCAGATTGCTTATGGTGCTGGCATTACTCTTCAGTACATAAGAAATGTCATCATCCATGGTCTTCGTATCCATCACATTGTTGTTGGTAGCGGTGGAATGATCAGAGACGCTGTCGACCATGTGGGTTTGAGGACTATGAGCGACGGCGATGGCATTTCCATCTTCGGCTCCTCCAATGTTTGGATTGACCATGTGTCCATGTCCAATTGTCATGACGGTCTCATTGATGCTATTATGGGATCTACTGCCATCACTATATCCAATTGCCATTTCACTCACCACAATGAGGTGATGTTGTTTGGAGCGAGTGACGGATACTCACAAGATCAGATAATGCAAATTACAGTAGCATTCAACCACTTTGGTCAAGGATTGGTGCAGCGAATGCCAAGATGTCGATGGGGCTTCTTCCATGTTGTCAACAATGATTACACTCATTGGCTTATGTATGCCATCGGTGGAAGCCAGCATCCCACCATTGTCAGCCAGGGCAATCGTTTCATTGCTCCTCCAAATGTATATGCTAAAGAGGTGACAAAGAGAGAGTACTCACCAGAGCAAGTTTGGAAAAGCTGGACATGGAGATCAGAGGGAGACTTGATGATGAATGGAGCATTCTTTGTTACCTCAGGTGATCAAAGCAAAAGAAGACCCTTCTCAAGGATGGATATGATCTCCTATAAACCAGGGACATACGTTAAAAGAATGACACGTTTTGCAGGCTCACTCGCCTGCTTCGTTGGTCGCCCTTGCTAA 1299 47.34 MHTLSLLLTLSLLATTAFADIGDFDDYWKARAAAAEKAAADAYDPDPETVANSVNAEIAHASSGRNSTRRNLKKYAGPCLATNPIDRCWRCDPNWAQNRKKLADCVLGFGRKTTGGKLGPYYVVNDSSDSDLMNPKPGTLRHAVIQKGPLWIIFSTNMAIRLSQELIMTSDKTIDARGANVQIAYGAGITLQYIRNVIIHGLRIHHIVVGSGGMIRDAVDHVGLRTMSDGDGISIFGSSNVWIDHVSMSNCHDGLIDAIMGSTAITISNCHFTHHNEVMLFGASDGYSQDQIMQITVAFNHFGQGLVQRMPRCRWGFFHVVNNDYTHWLMYAIGGSQHPTIVSQGNRFIAPPNVYAKEVTKREYSPEQVWKSWTWRSEGDLMMNGAFFVTSGDQSKRRPFSRMDMISYKPGTYVKRMTRFAGSLACFVGRPC* 433
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
5 26233901 26236156 + CsaV3_5G032410.1 Csa05g02422 530809
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Csa05g02422 432 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 83 422 IPR011050 -
Csa05g02422 432 Pfam Pectate lyase, N terminus 21 72 IPR007524 GO:0030570
Csa05g02422 432 Pfam Pectate lyase 169 348 IPR002022 -
Csa05g02422 432 SMART amb_all 157 354 IPR002022 -
Csa05g02422 432 Gene3D - 82 425 IPR012334 -
Csa05g02422 432 PANTHER PECTATE LYASE 6 432 - -
Csa05g02422 432 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 6 432 IPR045032 GO:0030570
Csa05g02422 432 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 105 122 IPR018082 -
Csa05g02422 432 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 129 154 IPR018082 -
Csa05g02422 432 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 165 181 IPR018082 -
Csa05g02422 432 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 229 250 IPR018082 -
Csa05g02422 432 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 309 328 IPR018082 -
Csa05g02422 432 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 331 350 IPR018082 -
Csa05g02422 432 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 373 397 IPR018082 -
Csa05g02422 432 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 403 426 IPR018082 -
       

Event-related genes

Select Gene_1 Gene_2 Event_name
Csa03g03864 Csa05g02422 CCT
Csa03g03864 Csa05g02422 ECH
       

Duplication type information

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Csa05g02422 Csa-Chr5:26233901 Csa02g00989 Csa-Chr2:9495612 9.61E-170 dispersed
Csa01g00790 Csa-Chr1:5004584 Csa05g02422 Csa-Chr5:26233901 0 wgd
Csa03g03864 Csa-Chr3:34017655 Csa05g02422 Csa-Chr5:26233901 0 wgd
Csa05g02422 Csa-Chr5:26233901 Csa06g02231 Csa-Chr6:20103120 0 wgd
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Csa05g02422 K01728 - csv:101206497 859.366