Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Csa06g00941 ATGCAAGCTTCTCAGCTTCATAGAGGTTCACATATGGCAAAGAGGTTGTGTTATCAGCCACTTCAGGAAGTGGATGCCTACTACTTCTCCCAATTTCAATCTTTAGGTCGCCAATTATATTCCAATGTTGGCAACCAAAGAGGTCACTTCAATGTTCAAGACATCGGTGATCGGTACTGCACTCTGGAGTCGTCCTCAGGAAGCCACGGCTATGCAACTCACAACTCGACCTCAACTGTCACTTTCTCACCAAATGGGAGTCCAGTATCGCAACAGGATTATCGTTCAAATCCTTCTGATCAGCATAATTCCCCTGACAATACGTATGGTTCCTCAGTAAGTGGATCCAGTATAACGGATGATATTAGTGATTTTAGGCACAAACTACTGGAATTGGAAACTGTGATGCTTGGTCCTGATTCTGATGTTATATATAGTTTTGATAGTATCTACCAGGAGGGGACGGACAATCCAGAGATGGGAACTTGGGGACAAGTGATGGATGCTATTACTAAAGGAAACTTGAAAAAGATCCTAATAGCTTGTGCTAAAGCTGTATCAGATAATGATGCATTGATGGCACAATGGCTTATGGATGAGCTGCGCAAGATGGTGTCAGTTTGTGGCGAACCGATGCAGAGGTTAGGAGCGTATATGCTGGAGGGGTTGGTTGCACGGTTGGCTTCCTCAGGTAGTTGCATCTATAAATCTTTGAGATGCAAGGAACCAGCAAGAGCCGAGCTCCTCTCGTATATGCACCTTCTTTATGAGGTTTGCCCATACTTCAAATTTGGATACATGTCAGCAAATGGTGCCATTGCAGAAGCCATGAAAGATGAAGATAGAGTTCACATCATTGATTTCCAAATTTCTCAGGGTACTCAGTGGGTCACTTTGATTCAAGCATTTGCAGGTAGGCCTGGTGGGCCACCTCACATTCGTATAACTGGTATAGATGATCCTGCATCAGCTTATGCTCGTGGAGGTGGCCTAGATATTGTTGGGAAGAGACTTTCCAAGTTAGCAAAGTTATTTAACGTGCCATTTGAGTTTCACTCTGCTTCCATTTCTGGCTGCAATGTTCATCAAAACAATCTCGGCATTCGACGAGGGGAGGCTTTAGCAGTGAATTTTGCATTCATGCTACACCATATGCCAGATGAGAGTGTAAGCACCGAAAATCATCGAGATAGGCTACTGAGGCTGGTTAAAAGTCTGTCTCCAAAGGTCGTGACACTTGTTGAACAAGAATCCAACACAAACACGGCTGCCTTCTTTCCCCGGTTCGTCGAGACACTAGATTACTACAATGCCATGTTTGAATCAATCGATGTTACTCTTCCAAGACAGCACAAGGAGCGAATTAACATCGAGCAGCATTGTCTAGCCAGGGAAGTTGTCAACATACTAGCATGTGAAGGAGCAGAGAGAGTGGAACGACACGAGCTACTTGGAAAGTGGAGACTGCGATTTGGATTGGCAGGATTTACACCTTACCCGTTAAGCTCGTTGGTGAATGCTACCATCAAAACGTTATTAGATAACTATTCTAACAGGTATAGACTCGAAGAAAGAGAAGGGGCTTTGTATTTAGGGTGGATGGATAGGGATTTAGTTGCTTCCTGTGCATGGAAGTAA 1638 44.14 MQASQLHRGSHMAKRLCYQPLQEVDAYYFSQFQSLGRQLYSNVGNQRGHFNVQDIGDRYCTLESSSGSHGYATHNSTSTVTFSPNGSPVSQQDYRSNPSDQHNSPDNTYGSSVSGSSITDDISDFRHKLLELETVMLGPDSDVIYSFDSIYQEGTDNPEMGTWGQVMDAITKGNLKKILIACAKAVSDNDALMAQWLMDELRKMVSVCGEPMQRLGAYMLEGLVARLASSGSCIYKSLRCKEPARAELLSYMHLLYEVCPYFKFGYMSANGAIAEAMKDEDRVHIIDFQISQGTQWVTLIQAFAGRPGGPPHIRITGIDDPASAYARGGGLDIVGKRLSKLAKLFNVPFEFHSASISGCNVHQNNLGIRRGEALAVNFAFMLHHMPDESVSTENHRDRLLRLVKSLSPKVVTLVEQESNTNTAAFFPRFVETLDYYNAMFESIDVTLPRQHKERINIEQHCLAREVVNILACEGAERVERHELLGKWRLRFGLAGFTPYPLSSLVNATIKTLLDNYSNRYRLEEREGALYLGWMDRDLVASCAWK* 546
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
6 7561913 7565476 - CsaV3_6G009410.1 Csa06g00941 532568
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Csa06g00941 545 MobiDBLite consensus disorder prediction 66 116 - -
Csa06g00941 545 Pfam GRAS domain family 175 545 IPR005202 -
Csa06g00941 545 PANTHER OSJNBA0084A10.13 PROTEIN-RELATED 18 545 IPR005202 -
Csa06g00941 545 ProSiteProfiles GRAS family profile. 166 545 IPR005202 -
Csa06g00941 545 PANTHER SCARECROW-LIKE TRANSCRIPTION FACTOR PAT1 18 545 - -
       

Duplication type information

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Csa03g03178 Csa-Chr3:29394049 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 5.39E-74 dispersed
Csa06g01475 Csa-Chr6:12522104 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 3.35E-22 dispersed
Csa01g00085 Csa-Chr1:522750 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 7.22E-58 transposed
Csa01g02098 Csa-Chr1:18212758 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 1.71E-65 transposed
Csa02g01459 Csa-Chr2:14029729 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 2.57E-52 transposed
Csa02g02578 Csa-Chr2:22508174 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 2.64E-87 transposed
Csa03g00280 Csa-Chr3:2263515 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 4.11E-35 transposed
Csa03g02085 Csa-Chr3:17145897 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 1.85E-66 transposed
Csa03g02273 Csa-Chr3:20205425 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 1.90E-175 transposed
Csa04g00507 Csa-Chr4:3311850 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 1.61E-58 transposed
Csa05g00112 Csa-Chr5:556639 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 3.13E-79 transposed
Csa05g01594 Csa-Chr5:18792392 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 3.86E-67 transposed
Csa05g02016 Csa-Chr5:23548902 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 3.33E-67 transposed
Csa05g02830 Csa-Chr5:28763181 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 7.17E-67 transposed
Csa06g03008 Csa-Chr6:25935402 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 4.13E-44 transposed
Csa06g03022 Csa-Chr6:26029860 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 8.86E-58 transposed
Csa06g03233 Csa-Chr6:27323359 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 9.78E-59 transposed
Csa06g03453 Csa-Chr6:28391622 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 0 transposed
Csa07g00389 Csa-Chr7:2879139 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 6.31E-43 transposed
Csa07g01411 Csa-Chr7:14297157 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 4.83E-151 transposed
Csa03g00440 Csa-Chr3:3721517 Csa06g00941 Csa-Chr6:7561913 0 wgd
       

Transcription factors information

Select Gene Hmm_acc Hmm_name Score E-value Regulatory Factors Family
31966 PF03514 GRAS 1.80E-135 CL0063 Csa TF
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Csa06g00941 - - csv:101221914 1107.43