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Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Csa06g00979 ATGGATGGATTTAGGAGTAACGACAACAAACAAGGCGTTGAAAGGCATTCCCGCACCGAGATGGGGTCGTTAGGCGAGAAAACTATACTGGAATTTGAAGATGAGAGCCTTGTTAGTCCAGTATCATTAACTAGAAAGAACTTTTCGATTGAGGGATCTATCCATAGTTCTTCATTGGGTGGTGGTTCGCAGAAACTTAGTTGCAGTAACATGAAGAACAGGGTATTTGGCAGCATTAAGATTGTCGTCTTCTCGGCTAAAATAAACCTTCTGATGCCTTTTGGCCCTCTAGCAATAATAGTCAGCACCTTGTCTGGTCACCATGGTTGGGTCTTCCTCTTAAGCTTGTTGGGGATCATACCTCTTGCTGAGCGTTTGGGCTATGCAACTGAACAACTGGCATGCTATACTGGAGCCACAGTTGGAGGTCTTCTGAATGCTACTTTTGGAAATGCCACAGAATTGATAATATCAATATATGCATTGCGAAGAGGAATGATACGTGTTGTTCAACAGTCATTATTAGGTTCAATTTTGTCTAATATGTTATTAGTACTTGGATGTGCATTCTTTGCTGGTGGAATTGTGGTTTCTAAGAGAGAGCAGGTCTTTAGTAAGGCAGCTGCTACCGTGAATTCTGGATTGCTGTTAATGGCGGTAATGGGCCTTCTATTTCCTGCTGTCCTTCGTTCCACACACACAGAGTTGCACTCTGGAAAGTCAGAGCTGGCTCTTTCAAGATTTAGTAGCGGCATTATGTTGGTGGCATATGCTGCCTATCTTGTTTTTCAGTTGAAAAGTGATAAGAACTTATATCTCCCGGTTGATGAGGTGGATAATGAAGGGAGTTCTGATGATGAAGAAGCTCCTGAGATTTCTATGTGGGAATCAATTGTTTGGCTGTCTATATTGACCATATGGATCTCCGTCCTCTCCGAATACTTGGTTAATGCAATCGAGGGGGCGTCGGTTGCAATGAACATACCTGTAGCATTCATCAGTGTTATTCTGTTACCTATTGTTGGGAATGCTGCAGAGCATGCAGGTGCCATCATGTTTGCCATGAAAGATAAGCTTGACATTTCTTTGGGTGTCGCGATAGGATCATCGACACAGATATCTATGTTTGGGATTCCCTTTTGTGTGGTCATTGGTTGGATCATGGGATGTCCTATGGACTTGAATTTTCAACTTTTTGAAACCGCCACGCTTTTCATCACGGTCATCGTCGTGGCCTTCATGTTGCAGGATGGAACTTCAAATTACCTCAAAGGACTAATGCTTATTCTCTGCTACCTGATAGTAGCTGCAAGTTTCTTTGTACATATTGATCCAGCATCAGTTGGAGACAAGACCCGAAAACCTGGTGTATGA 1374 42.87 MDGFRSNDNKQGVERHSRTEMGSLGEKTILEFEDESLVSPVSLTRKNFSIEGSIHSSSLGGGSQKLSCSNMKNRVFGSIKIVVFSAKINLLMPFGPLAIIVSTLSGHHGWVFLLSLLGIIPLAERLGYATEQLACYTGATVGGLLNATFGNATELIISIYALRRGMIRVVQQSLLGSILSNMLLVLGCAFFAGGIVVSKREQVFSKAAATVNSGLLLMAVMGLLFPAVLRSTHTELHSGKSELALSRFSSGIMLVAYAAYLVFQLKSDKNLYLPVDEVDNEGSSDDEEAPEISMWESIVWLSILTIWISVLSEYLVNAIEGASVAMNIPVAFISVILLPIVGNAAEHAGAIMFAMKDKLDISLGVAIGSSTQISMFGIPFCVVIGWIMGCPMDLNFQLFETATLFITVIVVAFMLQDGTSNYLKGLMLILCYLIVAASFFVHIDPASVGDKTRKPGV* 458
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
6 7944528 7951003 + CsaV3_6G009790.1 Csa06g00979 532606
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Csa06g00979 457 PANTHER VACUOLAR CALCIUM ION TRANSPORTER 14 456 IPR004713 GO:0006812|GO:0008324|GO:0016021
Csa06g00979 457 TIGRFAM cax: calcium/proton exchanger 92 440 IPR004798 GO:0006816|GO:0015369
Csa06g00979 457 MobiDBLite consensus disorder prediction 1 20 - -
Csa06g00979 457 PANTHER VACUOLAR CATION/PROTON EXCHANGER 14 456 - -
Csa06g00979 457 Pfam Sodium/calcium exchanger protein 298 437 IPR004837 GO:0016021|GO:0055085
Csa06g00979 457 Pfam Sodium/calcium exchanger protein 110 265 IPR004837 GO:0016021|GO:0055085
Csa06g00979 457 Gene3D - 283 441 IPR044880 -
Csa06g00979 457 Gene3D - 138 281 IPR044880 -
Csa06g00979 457 TIGRFAM caca2: calcium/proton exchanger 78 440 - -
       

Duplication type information

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Csa03g03075 Csa-Chr3:28931882 Csa06g00979 Csa-Chr6:7944528 8.09E-115 dispersed
Csa04g01618 Csa-Chr4:15535808 Csa06g00979 Csa-Chr6:7944528 4.32E-121 dispersed
Csa03g02811 Csa-Chr3:26947129 Csa06g00979 Csa-Chr6:7944528 0 transposed
Csa03g00398 Csa-Chr3:3354246 Csa06g00979 Csa-Chr6:7944528 0 wgd
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Csa06g00979 K07300 - csv:101215915 849.736