Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Csa06g01169 ATGAAGGAGATTAGTGGAAGAAAACAAGGTACATCTCTTTCACCATGTGCAGCTTGCAAGCTTCTCCGTCGTAGATGTGCTCAAGATTGTGTTTTCGCCCCTTACTTCCCCGCCGACGAGCCTCATAAATTTGCTAGTGTTCATAAGGTCTTCGGAGCTAGTAATGTTAACAAGATGCTACAGGAGCTACCAGAACAACAACGAAGCGATGCAGTAAGTTCGATGGTGTATGAAGCAAACGCAAGAGTACGAGATCCCGTTTACGGTTGCGTTGGAGCCATATCATCGTTACAACAACAGATCGATCTCTTGCAAACACAACTAGCAATAGCGCAAGCAGAGGTGGTTCACATGCGGATGCGCCACTTCCCGTCATCCTCTTACAACCCAACGGCGGGCCACTCACCGGAAACCGCCTCACCTTCCAGCAAGATGAACATTCCGGCCCCAAACAAGTCCTATTTTTCCATGGACATGGTTGACCACGACAGCATGGGGGAGACCTTGTGGTCGTCTTGCTAG 522 49.23 MKEISGRKQGTSLSPCAACKLLRRRCAQDCVFAPYFPADEPHKFASVHKVFGASNVNKMLQELPEQQRSDAVSSMVYEANARVRDPVYGCVGAISSLQQQIDLLQTQLAIAQAEVVHMRMRHFPSSSYNPTAGHSPETASPSSKMNIPAPNKSYFSMDMVDHDSMGETLWSSC* 174
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
6 9817253 9820028 - CsaV3_6G013670.1 Csa06g01169 532796
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Csa06g01169 173 PANTHER LOB DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3 3 168 - -
Csa06g01169 173 Coils Coil 94 114 - -
Csa06g01169 173 Pfam Lateral organ boundaries (LOB) domain 15 112 IPR004883 -
Csa06g01169 173 ProSiteProfiles LOB domain profile. 14 115 IPR004883 -
Csa06g01169 173 PANTHER LOB DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4-RELATED 3 168 - -
Csa06g01169 173 MobiDBLite consensus disorder prediction 126 147 - -
       

Event-related genes

Select Gene_1 Gene_2 Event_name
Csa06g01169 Csa07g01185 CCT
Csa01g01304 Csa06g01169 CCT
Csa01g01304 Csa06g01169 ECH
       

Duplication type information

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Csa05g00625 Csa-Chr5:4131728 Csa06g01169 Csa-Chr6:9817253 6.46E-50 dispersed
Csa05g00849 Csa-Chr5:6402429 Csa06g01169 Csa-Chr6:9817253 3.23E-59 dispersed
Csa05g00883 Csa-Chr5:6752730 Csa06g01169 Csa-Chr6:9817253 4.08E-51 dispersed
Csa06g00193 Csa-Chr6:1330357 Csa06g01169 Csa-Chr6:9817253 1.28E-46 dispersed
Csa06g00218 Csa-Chr6:1497292 Csa06g01169 Csa-Chr6:9817253 9.23E-53 dispersed
Csa06g01169 Csa-Chr6:9817253 Csa06g01395 Csa-Chr6:11927402 1.60E-52 dispersed
Csa01g03551 Csa-Chr1:32657337 Csa06g01169 Csa-Chr6:9817253 4.76E-81 transposed
Csa02g01835 Csa-Chr2:17560164 Csa06g01169 Csa-Chr6:9817253 1.43E-22 transposed
Csa02g02640 Csa-Chr2:22982621 Csa06g01169 Csa-Chr6:9817253 2.81E-22 transposed
Csa06g01169 Csa-Chr6:9817253 Csa07g01185 Csa-Chr7:11638640 1.57E-58 wgd
       

Transcription factors information

Select Gene Hmm_acc Hmm_name Score E-value Regulatory Factors Family
31988 PF03195 LOB 1.10E-43 No_clan Csa TF
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Csa06g01169 - - csv:101220394 333.954