Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Csa06g03291 ATGGCAGCAGCTGCAGAAGCTACAGAGGGAGTAGTAATCCGTTGTATCACTATTGATTCATGGGAGCACCAAATTCAGCAGGGCAATGGCTCTAAAAAATTGATAGTTGTGGATTTTACTGCATCATGGTGTGGTCCATGTCGGTTCATTGCACCTTTCCTAGACGAGCTTGCTAGAAAACATCCCAATGTCACATTTTTGAAGGTTGATGTGGATGAACTGGAGTCGGTGGCTAAAGATTGGGGGGTGGAGGCAATGCCTACTTTTATGTTTCTGAAAGAGGGAAGAATTCTGGACAAGGTAGTTGGAGCTAAGAAGGAAGAACTGCAACAGACCGTAGCGAAGCACTTGGCTACTGCTTCTGCCTGA 369 45.8 MAAAAEATEGVVIRCITIDSWEHQIQQGNGSKKLIVVDFTASWCGPCRFIAPFLDELARKHPNVTFLKVDVDELESVAKDWGVEAMPTFMFLKEGRILDKVVGAKKEELQQTVAKHLATASA* 123
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
6 27598696 27600232 - CsaV3_6G046770.1 Csa06g03291 534918

Annotation

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Csa06g03291 122 SUPERFAMILY Thioredoxin-like 10 119 IPR036249 -
Csa06g03291 122 PANTHER THIOREDOXIN 7 118 - -
Csa06g03291 122 Pfam Thioredoxin 15 114 IPR013766 -
Csa06g03291 122 CDD TRX_family 31 114 - -
Csa06g03291 122 PANTHER THIOREDOXIN 7 118 - -
Csa06g03291 122 Gene3D Glutaredoxin 2 121 - -
Csa06g03291 122 PRINTS Thioredoxin family signature 35 43 - -
Csa06g03291 122 PRINTS Thioredoxin family signature 43 52 - -
Csa06g03291 122 PRINTS Thioredoxin family signature 82 93 - -
Csa06g03291 122 ProSitePatterns Thioredoxin family active site. 36 54 IPR017937 -
Csa06g03291 122 ProSiteProfiles Thioredoxin domain profile. 1 118 IPR013766 -
       

Pathway

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Csa06g03291 K03671 trxA; thioredoxin 1 - csv:101203181 247.669
       

Dupl-types

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Csa01g01131 Csa-Chr1:6976267 Csa06g03291 Csa-Chr6:27598696 1.55E-28 dispersed
Csa01g03300 Csa-Chr1:29381943 Csa06g03291 Csa-Chr6:27598696 1.79E-16 dispersed
Csa03g03868 Csa-Chr3:34033858 Csa06g03291 Csa-Chr6:27598696 1.85E-33 dispersed
Csa05g00765 Csa-Chr5:5314998 Csa06g03291 Csa-Chr6:27598696 2.06E-43 dispersed
Csa05g00766 Csa-Chr5:5322819 Csa06g03291 Csa-Chr6:27598696 1.04E-40 dispersed
Csa05g02401 Csa-Chr5:26120765 Csa06g03291 Csa-Chr6:27598696 1.29E-36 dispersed
Csa05g03109 Csa-Chr5:31077528 Csa06g03291 Csa-Chr6:27598696 1.13E-27 dispersed
Csa03g04030 Csa-Chr3:35199389 Csa06g03291 Csa-Chr6:27598696 6.53E-11 transposed
Csa04g01701 Csa-Chr4:16406500 Csa06g03291 Csa-Chr6:27598696 8.50E-33 transposed
Csa04g02043 Csa-Chr4:20640841 Csa06g03291 Csa-Chr6:27598696 4.44E-08 transposed
Csa02g02092 Csa-Chr2:19038403 Csa06g03291 Csa-Chr6:27598696 5.62E-37 wgd
Csa03g04245 Csa-Chr3:37183680 Csa06g03291 Csa-Chr6:27598696 1.28E-42 wgd
       

Deco-Alignment

Select Vvi1 Blo1 Blo2 Bda1 Bda2 Bpe1 Bpe2 Bma1 Bma2 Cmo1 Cmo2 Cma1 Cma2 Car1 Car2 Sed1 Cpe1 Cpe2 Bhi1 Tan1 Cmetu1 Lac1 Hepe1 Mch1 Lcy1 Cla1 Cam1 Cec1 Cco1 Clacu1 Cmu1 Cre1 Cone1 Cone2 Cone3 Cone4 Lsi1 Csa1 Chy1 Cme1 Blo3 Blo4 Bda3 Bda4 Bpe3 Bpe4 Bma3 Bma4 Sed2 Cmo3 Cmo4 Cma3 Cma4 Car3 Car4 Cpe3 Cpe4 Bhi2 Tan2 Cmetu2 Lac2 Hepe2 Mch2 Lcy2 Cla2 Cam2 Cec2 Cco2 Clacu2 Cmu2 Cre2 Lsi2 Csa2 Chy2 Cme2
Vvi4g1058 . . . . . . . . . . Cma03g00711 Cma07g00455 Car03g00652 Car07g00403 Sed14g1166 Cpe19g00834 Cpe10g00643 Bhi03g00902 Tan03g2039 Cmetu08g0881 . Hepe04g1561 . . Cla01g01949 Cam01g2038 Cec04g1696 Cco04g1761 Clacu01g2060 Cmu01g1937 Cre04g1611 . . Cone6ag1656 Cone9ag1580 Lsi01g00634 . . Cme08g00895 . . . . . Bpe06g00034 . . . Cmo03g00737 Cmo07g00452 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Csa06g03291 Chy02g00605 .
       

Syn-Orthogroups

Select Orthogroup Bda Bhi Blo Bma Bpe Cam Car Cco Cec Chy Cla Clacu Cma Cme Cmetu Cmo Cmu Cone Cpe Cre Csa HCH Hepe Lac Lcy Lsi Mch Sed Tan Vvi Total
OG0009315 0 1 0 0 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 1 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 34