Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Csa07g01697 ATGAATCCTCTGTTTCCAATCAAGGAAGAGTTTCCGGGATCCAGTTCGTCGGATGTCGACGGCGAACGATCGGCTGTTTTGACTCCTCCGGTCCCGATGGAGGGTCTTCACGACGCTGGTCCACCGCCGTTTTTGACTAAAACCTTTGAAATCGTTGATGATTTTAATACTGATCATGTAATTTCTTGGAGCTTTAGTGGGACTAGTTTCATCGTTTGGGATCCCCATTGTTTCTCCACTCAATTGCTTCCGAGATTCTTTAAACATAATAACTTTTCTAGCTTCGTTCGTCAACTTAATACTTACGGATTTAGAAAGATAGACCCAGATAGATGGGAGTTTGCAAATGAGGGGTTTATCAGGGGCCAAAAGCATCTTCTTAAAAACATAAAGAGAAGAAGAACAACAAGTTATCATCATCATCAAACTCTTCAATCACAAGGAGCTAGTGGAGCTTGTGTAGAAGTTGGTCAATTTGGAGTTGATGCTGAAATGGATCGTTTGAAACGTGATAAACAAGTGCTGATGATGGAGTTAGTGAAGCTAAGGCAAGAGCAACAGAACACAAGAGCTTATCTTCAAGCAATGGAGCAAAGGCTTAGAGGAACTGAAATTAAGCAAAAACAAATGATGAATTTCTTAGCAAGAGCTATGAAAAACCCATCTTTTATTCAGCAGTTAATTCAACAGAAGGAAAAAAGAAAAGAGCTTGAAGAAGCCATAACTAAGAAAAGGAGAAGACCCATTGAACAAGCTGGCCAACATAAGTGTGGTGGTGGTAGTGGAAGAAGATTCTTAGGTGAAGGCTCAAACACTATTAAGATCGAACCATTAGAAAATGATGAATATGGGTTTGGAATAACAGAGCTAGAAGCACTTGCTTTGGAGATGCAAGGGCTTGGCAAAACAAGATATGAAGATGGGGAGGAAGAAGAAGAAGAAGATGAAGAAGATAACGACAATCTACTTCCATCAGAAGATGAAGATAAAGTACTTGATGAAGGGTTTTGGGAAGAATTGTTCAGTGAAAGGTTGGAAGAAGCTAGAAATGAAGATGAACATGTGAATGTTTTGGCTGATAGGTTGGGCTATTTGGGCTCAAGCCCACCATAG 1113 40.25 MNPLFPIKEEFPGSSSSDVDGERSAVLTPPVPMEGLHDAGPPPFLTKTFEIVDDFNTDHVISWSFSGTSFIVWDPHCFSTQLLPRFFKHNNFSSFVRQLNTYGFRKIDPDRWEFANEGFIRGQKHLLKNIKRRRTTSYHHHQTLQSQGASGACVEVGQFGVDAEMDRLKRDKQVLMMELVKLRQEQQNTRAYLQAMEQRLRGTEIKQKQMMNFLARAMKNPSFIQQLIQQKEKRKELEEAITKKRRRPIEQAGQHKCGGGSGRRFLGEGSNTIKIEPLENDEYGFGITELEALALEMQGLGKTRYEDGEEEEEEDEEDNDNLLPSEDEDKVLDEGFWEELFSERLEEARNEDEHVNVLADRLGYLGSSPP* 371
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
7 17491759 17493282 + CsaV3_7G027860.1 Csa07g01697 537260

Annotation

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Csa07g01697 370 Gene3D - 37 134 IPR036388 -
Csa07g01697 370 MobiDBLite consensus disorder prediction 307 324 - -
Csa07g01697 370 MobiDBLite consensus disorder prediction 303 334 - -
Csa07g01697 370 SMART hsfneu3 40 133 IPR000232 GO:0003700|GO:0006355|GO:0043565
Csa07g01697 370 PANTHER HEAT STRESS TRANSCRIPTION FACTOR A-6B 8 349 - -
Csa07g01697 370 ProSitePatterns HSF-type DNA-binding domain signature. 83 107 IPR000232 GO:0003700|GO:0006355|GO:0043565
Csa07g01697 370 PRINTS Heat shock factor (HSF) domain signature 95 107 IPR000232 GO:0003700|GO:0006355|GO:0043565
Csa07g01697 370 PRINTS Heat shock factor (HSF) domain signature 44 67 IPR000232 GO:0003700|GO:0006355|GO:0043565
Csa07g01697 370 PRINTS Heat shock factor (HSF) domain signature 82 94 IPR000232 GO:0003700|GO:0006355|GO:0043565
Csa07g01697 370 SUPERFAMILY Winged helix DNA-binding domain 40 133 IPR036390 -
Csa07g01697 370 Coils Coil 165 199 - -
Csa07g01697 370 Coils Coil 227 247 - -
Csa07g01697 370 PANTHER HEAT SHOCK TRANSCRIPTION FACTOR 8 349 IPR027725 -
Csa07g01697 370 Pfam HSF-type DNA-binding 44 133 IPR000232 GO:0003700|GO:0006355|GO:0043565
       

Pathway

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Csa07g01697 K09419 HSFF; heat shock transcription factor, other eukaryote - csv:101208010 719.153
       

Dupl-types

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Csa02g01172 Csa-Chr2:11421298 Csa07g01697 Csa-Chr7:17491759 4.29E-149 dispersed
Csa03g03376 Csa-Chr3:30491616 Csa07g01697 Csa-Chr7:17491759 1.03E-65 dispersed
Csa02g00041 Csa-Chr2:350357 Csa07g01697 Csa-Chr7:17491759 8.71E-67 transposed
Csa02g00128 Csa-Chr2:893155 Csa07g01697 Csa-Chr7:17491759 2.54E-50 transposed
Csa02g01831 Csa-Chr2:17542329 Csa07g01697 Csa-Chr7:17491759 1.45E-92 transposed
Csa03g00150 Csa-Chr3:1154596 Csa07g01697 Csa-Chr7:17491759 1.35E-86 transposed
Csa05g01128 Csa-Chr5:11518997 Csa07g01697 Csa-Chr7:17491759 1.39E-57 transposed
Csa03g01291 Csa-Chr3:9871823 Csa07g01697 Csa-Chr7:17491759 6.93E-113 wgd
       

Syn-Families

Select Gene Event_type S_start S_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Csa03g01291 . 7 237 HSF AT4G17750 53.7 8.3e-62 235.0
Csa07g01697 . 41 281 HSF AT4G17750 51.0 1.3e-59 227.6
Csa02g01831 . 43 243 HSF AT4G17750 53.2 3.0e-59 226.5
Csa02g01172 . 26 226 HSF AT4G17750 55.8 1.9e-58 223.8
Csa01g02297 CCT,ECH 13 191 HSF AT4G17750 50.3 1.2e-44 177.9
Csa02g01940 CCT 20 118 HSF AT4G17750 71.7 5.8e-39 159.1
Csa04g02421 CCT 20 118 HSF AT4G17750 69.7 2.2e-38 157.1
Csa05g00316 CCT 382 505 HSF AT4G17750 60.5 2.2e-38 157.1
Csa03g00150 . 21 517 HSF AT5G16820 51.2 1.7e-99 360.1
Csa03g01291 . 38 242 HSF AT5G16820 56.5 1.3e-59 227.6
Csa02g01172 . 39 226 HSF AT5G16820 57.1 4.1e-58 222.6
Csa07g01697 . 42 251 HSF AT5G16820 54.7 1.2e-57 221.1
Csa02g01831 . 44 243 HSF AT5G16820 53.1 1.9e-55 213.8
Csa03g00150 . 13 514 HSF AT1G32330 54.1 8.2e-123 437.6
Csa03g01291 . 26 227 HSF AT1G32330 53.5 1.7e-59 227.3
Csa07g01697 . 30 247 HSF AT1G32330 52.7 2.2e-59 226.9
Csa02g01172 . 27 226 HSF AT1G32330 54.1 2.4e-58 223.4
Csa02g01831 . 32 224 HSF AT1G32330 54.6 5.6e-55 212.2
Csa06g01363 . 8 148 HSF AT1G32330 55.7 1.6e-41 167.5
Csa02g01940 CCT 20 117 HSF AT1G32330 71.4 3.7e-38 156.4
Csa03g01291 . 38 241 HSF AT3G02990 56.2 6.6e-61 231.9
Csa07g01697 . 42 259 HSF AT3G02990 54.5 1.5e-60 230.7
Csa02g01172 . 39 226 HSF AT3G02990 56.3 6.9e-58 221.9
Csa02g01831 . 44 243 HSF AT3G02990 52.2 1.3e-56 217.6
Csa03g01291 . 15 270 HSF AT2G26150 52.5 4.9e-69 258.5
Csa07g01697 . 30 246 HSF AT2G26150 56.4 7.8e-67 251.1
Csa03g00150 . 29 243 HSF AT2G26150 58.8 6.4e-61 231.5
Csa02g01172 . 29 232 HSF AT2G26150 51.2 4.2e-60 228.8
Csa02g00041 . 48 248 HSF AT2G26150 51.7 7.8e-51 198.0
Csa06g01363 . 5 118 HSF AT2G26150 60.5 3.8e-37 152.5
Csa03g03376 . 116 357 HSF AT5G03720 56.9 1.1e-70 264.2
Csa03g01069 . 3 460 HSF AT4G13980 51.8 3.6e-115 412.1
Csa06g01363 . 4 183 HSF AT4G13980 51.7 8.7e-45 178.3
Csa07g01697 . 1 368 HSF AT3G22830 50.1 3.0e-94 342.4
Csa03g01291 . 21 347 HSF AT3G22830 52.2 1.4e-91 333.6
Csa02g01831 . 32 241 HSF AT3G22830 55.2 9.5e-64 241.1
Csa03g00150 . 29 242 HSF AT3G22830 59.3 3.6e-63 239.2
Csa02g00041 . 48 260 HSF AT3G22830 50.2 6.4e-52 201.8
Csa07g01697 . 29 343 HSF AT3G51910 50.9 1.4e-71 266.5
Csa02g01172 . 26 323 HSF AT3G51910 53.0 4.6e-70 261.5
Csa03g01291 . 26 238 HSF AT3G51910 58.4 3.5e-62 235.3
Csa02g01831 . 32 224 HSF AT3G51910 56.5 5.4e-55 211.5
Csa02g01831 . 32 231 HSF AT3G63350 52.7 2.9e-51 199.1
Csa06g01363 . 5 152 HSF AT3G63350 54.8 5.6e-39 158.3
Csa05g01128 . 12 283 HSF AT1G67970 51.1 1.0e-67 254.2
Csa07g01697 . 43 233 HSF AT1G67970 51.0 4.8e-46 182.2
Csa03g01695 CCT 17 190 HSF AT4G36990 50.9 2.3e-40 162.9
Csa05g00316 CCT 404 725 HSF AT4G11660 52.6 9.7e-79 290.8
Csa04g02421 CCT 16 119 HSF AT4G11660 74.0 1.2e-44 177.6
Csa02g01940 CCT 16 121 HSF AT4G11660 71.7 1.6e-44 177.2
Csa06g02938 . 2 100 HSF AT4G11660 73.7 9.5e-42 167.9
Csa01g03238 . 26 119 HSF AT4G11660 70.2 4.1e-37 152.5
Csa03g00150 . 31 126 HSF AT4G11660 68.8 7.0e-37 151.8
Csa03g03764 . 22 115 HSF AT4G11660 72.3 2.1e-36 150.2
Csa04g01086 . 37 215 HSF AT2G41690 52.7 3.7e-47 185.3
Csa03g03764 . 22 221 HSF AT2G41690 50.2 4.9e-47 184.9
Csa02g01940 CCT 19 373 HSF AT1G46264 51.4 2.4e-87 319.3
Csa04g02421 CCT 19 327 HSF AT1G46264 54.6 5.2e-87 318.2
Csa01g03238 . 18 200 HSF AT1G46264 53.8 1.1e-52 204.1
Csa03g00150 . 31 138 HSF AT1G46264 72.2 2.6e-41 166.4
Csa06g01363 . 5 105 HSF AT1G46264 68.3 1.7e-37 153.7
Csa02g01172 . 32 146 HSF AT1G46264 59.1 3.8e-37 152.5
Csa07g01697 . 33 142 HSF AT1G46264 63.6 1.1e-36 151.0
Csa01g01715 CCT 10 292 HSF AT3G24520 50.9 1.6e-64 243.4
Csa03g01291 . 7 237 HSF AT4G17750 53.7 8.3e-62 235.0
Csa07g01697 . 41 281 HSF AT4G17750 51.0 1.3e-59 227.6
Csa02g01831 . 43 243 HSF AT4G17750 53.2 3.0e-59 226.5
Csa02g01172 . 26 226 HSF AT4G17750 55.8 1.9e-58 223.8
Csa01g02297 CCT,ECH 13 191 HSF AT4G17750 50.3 1.2e-44 177.9
Csa02g01940 CCT 20 118 HSF AT4G17750 71.7 5.8e-39 159.1
Csa04g02421 CCT 20 118 HSF AT4G17750 69.7 2.2e-38 157.1
Csa05g00316 CCT 382 505 HSF AT4G17750 60.5 2.2e-38 157.1
Csa03g00150 . 21 517 HSF AT5G16820 51.2 1.7e-99 360.1
Csa03g01291 . 38 242 HSF AT5G16820 56.5 1.3e-59 227.6
Csa02g01172 . 39 226 HSF AT5G16820 57.1 4.1e-58 222.6
Csa07g01697 . 42 251 HSF AT5G16820 54.7 1.2e-57 221.1
Csa02g01831 . 44 243 HSF AT5G16820 53.1 1.9e-55 213.8
Csa03g00150 . 13 514 HSF AT1G32330 54.1 8.2e-123 437.6
Csa03g01291 . 26 227 HSF AT1G32330 53.5 1.7e-59 227.3
Csa07g01697 . 30 247 HSF AT1G32330 52.7 2.2e-59 226.9
Csa02g01172 . 27 226 HSF AT1G32330 54.1 2.4e-58 223.4
Csa02g01831 . 32 224 HSF AT1G32330 54.6 5.6e-55 212.2
Csa06g01363 . 8 148 HSF AT1G32330 55.7 1.6e-41 167.5
Csa02g01940 CCT 20 117 HSF AT1G32330 71.4 3.7e-38 156.4
Csa03g01291 . 38 241 HSF AT3G02990 56.2 6.6e-61 231.9
Csa07g01697 . 42 259 HSF AT3G02990 54.5 1.5e-60 230.7
Csa02g01172 . 39 226 HSF AT3G02990 56.3 6.9e-58 221.9
Csa02g01831 . 44 243 HSF AT3G02990 52.2 1.3e-56 217.6
Csa03g01291 . 15 270 HSF AT2G26150 52.5 4.9e-69 258.5
Csa07g01697 . 30 246 HSF AT2G26150 56.4 7.8e-67 251.1
Csa03g00150 . 29 243 HSF AT2G26150 58.8 6.4e-61 231.5
Csa02g01172 . 29 232 HSF AT2G26150 51.2 4.2e-60 228.8
Csa02g00041 . 48 248 HSF AT2G26150 51.7 7.8e-51 198.0
Csa06g01363 . 5 118 HSF AT2G26150 60.5 3.8e-37 152.5
Csa03g03376 . 116 357 HSF AT5G03720 56.9 1.1e-70 264.2
Csa03g01069 . 3 460 HSF AT4G13980 51.8 3.6e-115 412.1
Csa06g01363 . 4 183 HSF AT4G13980 51.7 8.7e-45 178.3
Csa07g01697 . 1 368 HSF AT3G22830 50.1 3.0e-94 342.4
Csa03g01291 . 21 347 HSF AT3G22830 52.2 1.4e-91 333.6
Csa02g01831 . 32 241 HSF AT3G22830 55.2 9.5e-64 241.1
Csa03g00150 . 29 242 HSF AT3G22830 59.3 3.6e-63 239.2
Csa02g00041 . 48 260 HSF AT3G22830 50.2 6.4e-52 201.8
Csa07g01697 . 29 343 HSF AT3G51910 50.9 1.4e-71 266.5
Csa02g01172 . 26 323 HSF AT3G51910 53.0 4.6e-70 261.5
Csa03g01291 . 26 238 HSF AT3G51910 58.4 3.5e-62 235.3
Csa02g01831 . 32 224 HSF AT3G51910 56.5 5.4e-55 211.5
Csa02g01831 . 32 231 HSF AT3G63350 52.7 2.9e-51 199.1
Csa06g01363 . 5 152 HSF AT3G63350 54.8 5.6e-39 158.3
Csa05g01128 . 12 283 HSF AT1G67970 51.1 1.0e-67 254.2
Csa07g01697 . 43 233 HSF AT1G67970 51.0 4.8e-46 182.2
Csa03g01695 CCT 17 190 HSF AT4G36990 50.9 2.3e-40 162.9
Csa05g00316 CCT 404 725 HSF AT4G11660 52.6 9.7e-79 290.8
Csa04g02421 CCT 16 119 HSF AT4G11660 74.0 1.2e-44 177.6
Csa02g01940 CCT 16 121 HSF AT4G11660 71.7 1.6e-44 177.2
Csa06g02938 . 2 100 HSF AT4G11660 73.7 9.5e-42 167.9
Csa01g03238 . 26 119 HSF AT4G11660 70.2 4.1e-37 152.5
Csa03g00150 . 31 126 HSF AT4G11660 68.8 7.0e-37 151.8
Csa03g03764 . 22 115 HSF AT4G11660 72.3 2.1e-36 150.2
Csa04g01086 . 37 215 HSF AT2G41690 52.7 3.7e-47 185.3
Csa03g03764 . 22 221 HSF AT2G41690 50.2 4.9e-47 184.9
Csa02g01940 CCT 19 373 HSF AT1G46264 51.4 2.4e-87 319.3
Csa04g02421 CCT 19 327 HSF AT1G46264 54.6 5.2e-87 318.2
Csa01g03238 . 18 200 HSF AT1G46264 53.8 1.1e-52 204.1
Csa03g00150 . 31 138 HSF AT1G46264 72.2 2.6e-41 166.4
Csa06g01363 . 5 105 HSF AT1G46264 68.3 1.7e-37 153.7
Csa02g01172 . 32 146 HSF AT1G46264 59.1 3.8e-37 152.5
Csa07g01697 . 33 142 HSF AT1G46264 63.6 1.1e-36 151.0
Csa01g01715 CCT 10 292 HSF AT3G24520 50.9 1.6e-64 243.4
       

Syn-Orthogroups

Select Orthogroup Bda Bhi Blo Bma Bpe Cam Car Cco Cec Chy Cla Clacu Cma Cme Cmetu Cmo Cmu Cone Cpe Cre Csa HCH Hepe Lac Lcy Lsi Mch Sed Tan Vvi Total
OG0001412 1 3 2 0 1 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 4 2 2 2 2 2 2 2 2 2 12 6 0 72
       

Regulatory proteins

Select Gene Hmm_acc Hmm_name Score E-value Regulatory Factors Family
32347 PF00447 HSF_DNA-bind 6.80E-31 CL0123 Csa TF