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Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Lac7g0960 ATGGTTTCTAGTAATCGAGCGACGAATTCGCATCAGCAACAGGCTCAGTCCTCGAACACGAATACGAGCCATTTGCGATCTCATCGTACAGAATCCATCAGCAAAGCCATAGCGCAGTACACCGTCGATGCTCGTCTTCACGCGGTGTTCGAGCAGTCGGGTGAGTCTGGTAAATCTTTTGACTACTCACAGTCTATTAGAACTTCGACACAATCTGTGCCGGAGCAGCAAATTACTGCTTATTTGTCGAAGATTCAGAGGGGCGGCCATATCCAGCCCTTTGGGTGTATGATAGCAATAGATGAGGCTACTTTTCGGGTTATTGCTTACAGTGAGAACGCTAGGGAATTGCTTGGTCTTACGCCTCAATCAGTGCCGAGTCTTGAAAAGCCTGAGATCCTCACAATTGGGACTGATGTACGGAACTTGTTCACTTCCAACAGTGCAATTCTGCTCGAGAAGGCATTTGGGGCTCGAGAAATCACTTTGTTGAACCCTGTTTGGATTCATTCCAAGAATTCTGGGAAGCCCTTTTATGCTATTTTGCATAGGATTGATGTGGGAATTGTGATTGATTTGGAGCCTGCAAGAACGGAGGATCCTGCCCTTTCTATTGCTGGGGCGGTCCAATCGCAGAAGCTTGCGGTTCGTGCAATTTCTCAGTTACAATCACTCCCTGGTGGAGATATTAAACTGTTGTGTGATACTGTGGTTGAGAGTGTTAGGGAGCTTACTGGATATGATAGAGTTATGGTGTATAAATTTCATGAGGATGAGCATGGTGAGGTTGTGGCTGAAAGCAAGAGGCCAGACTTAGAGCCATACATTGGACTGCATTATCCTTCTACTGATATTCCTCAGGCATCAAGGTTTTTGTTTAAGCAAAACCGGGTTAGGATGATAGTTGATTGCCATGCTTCTCCAGTTCGTGTAATTCAGGATGCCGGGCTTATGCAACCTCTCTGCTTAGTGGGTTCGACTCTTCGTGCTCCCCATGGATGTCATGCCCAGTATATGGCCAATATGGGCTCTATTGCTTCGTTAGCAATGGCTGTTGTTATCAATGGTAATGATGATGATGCTATTGGTGGGCGAAACTCAACAAGGCTTTGGGGTTTGGTTGTATGCCACCATACTTCTGCTCGGTGTATTCCATTCCCGCTTCGGTATGCATGTGAGTTTCTAATGCAGGCCTTTGGGCTTCAACTGAATATGGAATTGCAGTTGGCTTCACAGATGTCTGAGAAACATGTTTTGAGGACTCAAACTCTCTTGTGTGACATGCTTCTTCGTGATTCCCCAACTGGCATTGTTACGCAGAGTCCAAGCATCATGGACCTAGTAAAGTGTGATGGGGCAGCTCTTCACTATCAAGGGAAATATTACCCTCTGGGTGTGACGCCAACTGAAGCCCAAATAAAGGATATTGTGGAATGGTTGTTGGCTTTCCATGGAGATTCAACTGGTTTAAGTACAGATAGCTTGGCTGATGCTGGATATCCAGGGGCAGCCTTGCTTGGTGATGCAGTTTGTGGAATGGCTGTTGCTTATATCACAAAAAGGGATTTTCTATTTTGGTTCCGATCACACACGGCAAAAGAGATCAAGTGGGGTGGTGCAAAGCATCACCCAGAGGATAAGGATGATGGTCAAAGAATGCATCCTCGTTCTTCATTCAAGGCATTCTTGGAAGTGGTAAAATCCCGTAGTTTACCATGGGAGAATGCAGAAATGGATGCTATTCACTCATTGCAGCTTATTCTTCGAGATTCATTTAAGGATGATGTTGCAATCAATTCGAAGGCAGTTGTGCACCCTCAACTAGGGGATCTTGACTTGCAAGGGATTGATGAGCTCAGCTCGGTTGCAAGAGAAATGGTCAGGTTGATTGAGACTGCAACTGCTCCTATCTTTGCTGTAGATGTCGATGGTCATATAAATGGATGGAATGCTAAGATGTCTGAGTTGACTGGGCTTGCGGTTGAGGAAGCTATGGGAAATCCTTAG 2007 45.64 MVSSNRATNSHQQQAQSSNTNTSHLRSHRTESISKAIAQYTVDARLHAVFEQSGESGKSFDYSQSIRTSTQSVPEQQITAYLSKIQRGGHIQPFGCMIAIDEATFRVIAYSENARELLGLTPQSVPSLEKPEILTIGTDVRNLFTSNSAILLEKAFGAREITLLNPVWIHSKNSGKPFYAILHRIDVGIVIDLEPARTEDPALSIAGAVQSQKLAVRAISQLQSLPGGDIKLLCDTVVESVRELTGYDRVMVYKFHEDEHGEVVAESKRPDLEPYIGLHYPSTDIPQASRFLFKQNRVRMIVDCHASPVRVIQDAGLMQPLCLVGSTLRAPHGCHAQYMANMGSIASLAMAVVINGNDDDAIGGRNSTRLWGLVVCHHTSARCIPFPLRYACEFLMQAFGLQLNMELQLASQMSEKHVLRTQTLLCDMLLRDSPTGIVTQSPSIMDLVKCDGAALHYQGKYYPLGVTPTEAQIKDIVEWLLAFHGDSTGLSTDSLADAGYPGAALLGDAVCGMAVAYITKRDFLFWFRSHTAKEIKWGGAKHHPEDKDDGQRMHPRSSFKAFLEVVKSRSLPWENAEMDAIHSLQLILRDSFKDDVAINSKAVVHPQLGDLDLQGIDELSSVAREMVRLIETATAPIFAVDVDGHINGWNAKMSELTGLAVEEAMGNP 668
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
7 8162827 8164833 + Lag0021477.1 Lac7g0960 613861
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Lac7g0960 668 Pfam GAF domain 230 407 IPR003018 GO:0005515(InterPro)
Lac7g0960 668 SMART gaf_1 229 417 IPR003018 GO:0005515(InterPro)
Lac7g0960 668 Gene3D - 412 585 IPR043150 -
Lac7g0960 668 CDD PAS 633 668 IPR000014 -
Lac7g0960 668 Gene3D PAS domain 84 332 - -
Lac7g0960 668 Gene3D - 210 568 IPR029016 -
Lac7g0960 668 ProSiteProfiles Phytochrome chromophore attachment site domain profile. 229 397 IPR016132 -
Lac7g0960 668 ProSiteProfiles PAS repeat profile. 622 668 IPR000014 -
Lac7g0960 668 FunFam Phytochrome 412 542 - -
Lac7g0960 668 Pfam Phytochrome region 420 593 IPR013515 GO:0006355(InterPro)|GO:0009584(InterPro)
Lac7g0960 668 PRINTS Phytochrome signature 144 166 IPR001294 GO:0006355(InterPro)|GO:0009584(InterPro)
Lac7g0960 668 PRINTS Phytochrome signature 644 659 IPR001294 GO:0006355(InterPro)|GO:0009584(InterPro)
Lac7g0960 668 PRINTS Phytochrome signature 437 457 IPR001294 GO:0006355(InterPro)|GO:0009584(InterPro)
Lac7g0960 668 PRINTS Phytochrome signature 244 263 IPR001294 GO:0006355(InterPro)|GO:0009584(InterPro)
Lac7g0960 668 PRINTS Phytochrome signature 329 350 IPR001294 GO:0006355(InterPro)|GO:0009584(InterPro)
Lac7g0960 668 PRINTS Phytochrome signature 522 541 IPR001294 GO:0006355(InterPro)|GO:0009584(InterPro)
Lac7g0960 668 PRINTS Phytochrome signature 625 641 IPR001294 GO:0006355(InterPro)|GO:0009584(InterPro)
Lac7g0960 668 PRINTS Phytochrome signature 555 573 IPR001294 GO:0006355(InterPro)|GO:0009584(InterPro)
Lac7g0960 668 SUPERFAMILY GAF domain-like 209 404 - -
Lac7g0960 668 Pfam PAS fold 625 667 IPR013767 GO:0006355(InterPro)
Lac7g0960 668 ProSitePatterns Phytochrome chromophore attachment site signature. 329 338 IPR013516 -
Lac7g0960 668 PANTHER OS08G0260000 PROTEIN 18 619 - -
Lac7g0960 668 Pfam PAS fold 80 196 IPR013654 GO:0006355(InterPro)
Lac7g0960 668 SUPERFAMILY PYP-like sensor domain (PAS domain) 85 199 IPR035965 -
Lac7g0960 668 MobiDBLite consensus disorder prediction 1 30 - -
Lac7g0960 668 SUPERFAMILY GAF domain-like 415 592 - -
Lac7g0960 668 SUPERFAMILY PYP-like sensor domain (PAS domain) 627 666 IPR035965 -
       

Duplication type information

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Lac6g0061 Lac-Chr6:490572 Lac7g0960 Lac-Chr7:8162827 3.00E-227 dispersed
Lac6g0064 Lac-Chr6:529084 Lac7g0960 Lac-Chr7:8162827 2.10E-216 dispersed
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Lac7g0960 K12121 - csv:101212197 1289.25