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Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Sed12g1613 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CGAGTGGCAGAAGACCGTGGAGGATTTCAGAGAATGGACCAATTGGCTTTTTTACCGTGGTGGAATTGGTGTTAAAGGTGAAGAAAGCTGGGAAGCATGGTGGGATTCAGAGCTGGAACATATAAAAACTCTTGAAGGGCGGATTGCAGAGACTATTTTAAATCTTAGATTTTTTATTTTTCAATATGGTATTGTTTACAAGCTCAATGTGCAAGGATCAAACACATCATTGTCGGTGTATGGGTTCTCCTGGATAGTGTTAGCTGGGATTATAGTTCTTTTCAAGGTGTTCACCTTTAGCCAGAAGATGACCGTCAATTTCCAGCTTTTGTTGCGTTTTATCCAAGGTCTTTCTTTCCTTTTGACGCTGGCTGGCCTCGCAGTTGCGGTTGCTATTACAGACTTGTCACTGCCTGATGTATTTGCTTGCATCTTGGCATTTGTACCTACAGGATGGGGCCTTCTTTCTATTGCAGCAGCTTGGAAACCTCTGATTAAAAGACTGGGACTCTGGAAATCCATCCGCTCAATTGCTCGGCTGTATGATGCCGGGATGGGGATGCTCGTCTTTATCCCCATTGCATTTCTTTCATGGTTTCCATTTGTATCGACATTCCAAACTCGTCTTATGTTCAACCAGGCATTCAGTCGAGGGCTCGAGATCTCGCTAATTCTTGCTGGAAACAACCCCAACACAGCCCTGTGA 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1901
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
12 26925605 26989838 + Sed0002246.1 Sed12g1613 732569
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Sed12g1613 1901 PANTHER LYST-INTERACTING PROTEIN LIP5 DOPAMINE RESPONSIVE PROTEIN DRG-1 36 1895 - GO:0005886(PANTHER)|GO:0046527(PANTHER)
Sed12g1613 1901 Gene3D - 33 191 IPR023175 -
Sed12g1613 1901 Pfam 1,3-beta-glucan synthase component 1024 1709 IPR003440 GO:0000148(InterPro)|GO:0003843(InterPro)|GO:0006075(InterPro)|GO:0016020(InterPro)
Sed12g1613 1901 Pfam 1,3-beta-glucan synthase subunit FKS1, domain-1 338 445 IPR026899 -
Sed12g1613 1901 SMART FKS1_dom1_2 336 448 IPR026899 -
       

Duplication type information

Select Gene1 Location1 Gene2 Location2 E-value Duplicated-type
Sed08g0048 Sed-Chr8:240593 Sed12g1613 Sed-Chr12:26925605 0.00E+00 dispersed
Sed09g1434 Sed-Chr9:38180604 Sed12g1613 Sed-Chr12:26925605 0.00E+00 dispersed
Sed09g1435 Sed-Chr9:38180604 Sed12g1613 Sed-Chr12:26925605 0.00E+00 dispersed
Sed12g1613 Sed-Chr12:26925605 Sed12g2494 Sed-Chr12:34457289 0.00E+00 dispersed
Sed12g1613 Sed-Chr12:26925605 Sed08g1038 Sed-Chr8:12358981 0.00E+00 wgd
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Sed12g1613 K11000 - csv:101216435 3547.29