Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Vvi1g687 ATGGATAGCGAAAACGTTGATGGCGTTGCTCACGATTTGGTTTCGCTTCTCACAAGAGAGGATCGGGACTTTCTTGTCCGCAACAATGGCCACCAGGTTAAAGTTGAGAGTTTGAAGGGGAAGAAAATTTGGCTATATTTTTCAGCATCATGGTGTGGGCCATGTCGGCGGTTCACCCCTAAATTAGTTGAGGCCTACAATGAACTCTCCTCCAACGATGATTTTGAAATCATCTTTGTTTCAGGTGATAATGATGATGAGTCGTTCCATGGATATTTCTCCAAGATGCCTTGGCTCGCAATCCCATTTTCTGATTCAGATGCACGAGATCAGTTGAATGAACTGTTCAAGGTGATGGGGATTCCAAACCTTGTGATGCTTGATGAATCTGGCAAGGTTTTGAGCGAAGATGGGGTTGATATCATACAAGAGTATGGAGTGGAAGCTTATCCTTTCACTCCTGAAAAGATCAAAGAAATGAAAGAGAAGGAAGAAACAGCCAGGAAGGAACAATCCTTGAGATCCATCTTAGTCTCTCAGTCCCGTGACTATGTAATTTCAACTGATGGAAAGAAGGTGCCTGTGTCTGAACTAGAAGGGAAGTTCGTTGGGCTGTTTTTCTCATTGTCTTCCTACAAGGCATGCCTTGAATTTACTCCAACGCTAGTGGATGTTTACGAGAAATTAAGGGCAAAGGGGGAGAGCTTTGAAATTGTCATGATATCACTTGATGATGAGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATTTATATAAAATATCTTATTTGAGATTTAATTTTTAA 2424 13.28 MDSENVDGVAHDLVSLLTREDRDFLVRNNGHQVKVESLKGKKIWLYFSASWCGPCRRFTPKLVEAYNELSSNDDFEIIFVSGDNDDESFHGYFSKMPWLAIPFSDSDARDQLNELFKVMGIPNLVMLDESGKVLSEDGVDIIQEYGVEAYPFTPEKIKEMKEKEETARKEQSLRSILVSQSRDYVISTDGKKVPVSELEGKFVGLFFSLSSYKACLEFTPTLVDVYEKLRAKGESFEIVMISLDDEXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXNLYKISYLRFNF* 808
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
1 7904819 7907581 - Vvi1g687 Vvi1g687 769887

Annotation

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Vvi1g687 807 ProSiteProfiles Thioredoxin domain profile. 1 162 IPR013766 -
Vvi1g687 807 SUPERFAMILY Thioredoxin-like 185 246 IPR036249 -
Vvi1g687 807 Coils Coil 796 796 - -
Vvi1g687 807 PANTHER NUCLEOREDOXIN 1-2-RELATED 4 247 - -
Vvi1g687 807 CDD TryX_like_TryX_NRX 23 152 IPR045870 GO:0004791
Vvi1g687 807 Gene3D Glutaredoxin 176 253 - -
Vvi1g687 807 Gene3D Glutaredoxin 16 153 - -
Vvi1g687 807 SUPERFAMILY Thioredoxin-like 25 134 IPR036249 -
Vvi1g687 807 Pfam Thioredoxin-like 41 133 IPR012336 -
Vvi1g687 807 Pfam Thioredoxin-like 200 246 IPR012336 -
Vvi1g687 807 PANTHER THIOREDOXIN 4 247 - -
Vvi1g687 807 Coils Coil 243 246 - -
       

Pathway

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Vvi1g687 K17609 NXN; nucleoredoxin [EC:1.8.1.8] - vvi:104879711 473.011
       

Deco-Alignment

Select Vvi1 Blo1 Blo2 Bda1 Bda2 Bpe1 Bpe2 Bma1 Bma2 Cmo1 Cmo2 Cma1 Cma2 Car1 Car2 Sed1 Cpe1 Cpe2 Bhi1 Tan1 Cmetu1 Lac1 Hepe1 Mch1 Lcy1 Cla1 Cam1 Cec1 Cco1 Clacu1 Cmu1 Cre1 Cone1 Cone2 Cone3 Cone4 Lsi1 Csa1 Chy1 Cme1 Blo3 Blo4 Bda3 Bda4 Bpe3 Bpe4 Bma3 Bma4 Sed2 Cmo3 Cmo4 Cma3 Cma4 Car3 Car4 Cpe3 Cpe4 Bhi2 Tan2 Cmetu2 Lac2 Hepe2 Mch2 Lcy2 Cla2 Cam2 Cec2 Cco2 Clacu2 Cmu2 Cre2 Lsi2 Csa2 Chy2 Cme2
Vvi1g687 Blo01g00395 . Bda01g02221 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
       

Syn-Orthogroups

Select Orthogroup Bda Bhi Blo Bma Bpe Cam Car Cco Cec Chy Cla Clacu Cma Cme Cmetu Cmo Cmu Cone Cpe Cre Csa HCH Hepe Lac Lcy Lsi Mch Sed Tan Vvi Total
OG0001026 1 2 1 1 0 4 3 3 2 3 3 3 3 3 3 3 3 2 2 4 3 3 2 3 3 3 4 3 3 5 81