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Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Vvi1g84 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7825
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
1 806982 839693 + Vvi1g84 Vvi1g84 769284

Annotation

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Vvi1g84 7824 CDD RX-CC_like 12 118 IPR038005 -
Vvi1g84 7824 PANTHER DISEASE RESISTANCE PROTEIN RP 980 1788 IPR044974 GO:0006952
Vvi1g84 7824 PANTHER DISEASE RESISTANCE PROTEIN RP 32 838 IPR044974 GO:0006952
Vvi1g84 7824 Gene3D - 1347 1436 IPR036388 -
Vvi1g84 7824 Gene3D - 397 486 IPR036388 -
Vvi1g84 7824 Coils Coil 32 59 - -
Vvi1g84 7824 Gene3D - 310 396 IPR042197 -
Vvi1g84 7824 Gene3D - 1260 1346 IPR042197 -
Vvi1g84 7824 SUPERFAMILY L domain-like 1426 1788 - -
Vvi1g84 7824 PRINTS Disease resistance protein signature 1127 1142 - -
Vvi1g84 7824 PRINTS Disease resistance protein signature 1199 1213 - -
Vvi1g84 7824 PRINTS Disease resistance protein signature 1295 1309 - -
Vvi1g84 7824 PRINTS Disease resistance protein signature 1723 1739 - -
Vvi1g84 7824 SUPERFAMILY P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases 1096 1360 IPR027417 -
Vvi1g84 7824 SUPERFAMILY P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases 150 410 IPR027417 -
Vvi1g84 7824 Coils Coil 988 1008 - -
Vvi1g84 7824 SMART AAA_5 1124 1259 IPR003593 -
Vvi1g84 7824 SMART AAA_5 175 309 IPR003593 -
Vvi1g84 7824 Pfam Rx N-terminal domain 962 1041 IPR041118 -
Vvi1g84 7824 Pfam Rx N-terminal domain 13 92 IPR041118 -
Vvi1g84 7824 Coils Coil 104 124 - -
Vvi1g84 7824 PANTHER - 980 1788 - -
Vvi1g84 7824 PANTHER - 32 838 - -
Vvi1g84 7824 CDD RX-CC_like 961 1060 IPR038005 -
Vvi1g84 7824 Gene3D Ribonuclease Inhibitor 1491 1789 IPR032675 -
Vvi1g84 7824 Gene3D - 12 125 - -
Vvi1g84 7824 Gene3D - 961 1072 - -
Vvi1g84 7824 SMART LRR_typ_2 590 613 IPR003591 -
Vvi1g84 7824 SMART LRR_typ_2 567 589 IPR003591 -
Vvi1g84 7824 SMART LRR_typ_2 1517 1539 IPR003591 -
Vvi1g84 7824 SMART LRR_typ_2 1540 1563 IPR003591 -
Vvi1g84 7824 Pfam NB-ARC domain 161 398 IPR002182 GO:0043531
Vvi1g84 7824 Pfam NB-ARC domain 1110 1349 IPR002182 GO:0043531
Vvi1g84 7824 SUPERFAMILY L domain-like 476 836 - -
Vvi1g84 7824 Coils Coil 1847 1847 - -
Vvi1g84 7824 Gene3D - 1097 1254 IPR027417 -
Vvi1g84 7824 Gene3D - 145 304 IPR027417 -
Vvi1g84 7824 Gene3D Ribonuclease Inhibitor 505 847 IPR032675 -
       

Pathway

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Vvi1g84 K13457 RPM1, RPS3; disease resistance protein RPM1 - vvi:100252530 1651.34
       

Deco-Alignment

Select Vvi1 Blo1 Blo2 Bda1 Bda2 Bpe1 Bpe2 Bma1 Bma2 Cmo1 Cmo2 Cma1 Cma2 Car1 Car2 Sed1 Cpe1 Cpe2 Bhi1 Tan1 Cmetu1 Lac1 Hepe1 Mch1 Lcy1 Cla1 Cam1 Cec1 Cco1 Clacu1 Cmu1 Cre1 Cone1 Cone2 Cone3 Cone4 Lsi1 Csa1 Chy1 Cme1 Blo3 Blo4 Bda3 Bda4 Bpe3 Bpe4 Bma3 Bma4 Sed2 Cmo3 Cmo4 Cma3 Cma4 Car3 Car4 Cpe3 Cpe4 Bhi2 Tan2 Cmetu2 Lac2 Hepe2 Mch2 Lcy2 Cla2 Cam2 Cec2 Cco2 Clacu2 Cmu2 Cre2 Lsi2 Csa2 Chy2 Cme2
Vvi1g84 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
       

Syn-Orthogroups

Select Orthogroup Bda Bhi Blo Bma Bpe Cam Car Cco Cec Chy Cla Clacu Cma Cme Cmetu Cmo Cmu Cone Cpe Cre Csa HCH Hepe Lac Lcy Lsi Mch Sed Tan Vvi Total
OG0021167 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3