Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Vvi2g453 ATGAACCTTCACTATCATAACTTTTCATCCTTTTATTTTATTAGAAAAAAATCCAACGACGACATCCATCTCCTCCCAGAGGCAGGAAGGCCGCAGAATCAAAGCCCCGTCACACTCTCCCCCATAAGGCATCGCCAGCGCGCCGCTGCCACCCTGTCACCCTGCTCTGGCAAACGCAATCCACCTCATTTCCATGACTCCTCTGCTTCCACCGCAATGACCCGAAGTCGGCCCTCCGAACCTGACGAAGATTCTGGACCCACCACTACAGGAGGTGGCGGCGGCAGAGGAAGGACAGAGATGAGAGTGATAGTTCCTTTACAAGGGGTGGTTCAGGGGAGAGGGGGACTTGTGTTGGGTTCAGTAATTCCCTGCGCTCTCTTTTACCTCTTGCAGCTCTACTTCAAACGACATCGTTCCGAGCCCACGCCCCCGCCCCAGAAGCTGACGGAGGTCTCTGAGTTAAATAGGTCCCTGTCTCGGACCCATCTGCCTGCAAGGGGTTCGAGCGCGCCGGCTTGTGTGTCAACGCGGGCAAATTCGATTGTGAAGTCCAGTGATTCGCCTTTCTATGTTGGGCTGAAGAGGGTTTCAGAGGATCCCTATGATGAATTGAGTAATCCAGAGGGGGTTATTCAGCTTGGTTTGGCTGAAAACAAGTTGTCATTGGACTTGGCTCGAGACTGGCTTGCAGAGAATGCAAAGGATTGGATATTGAGTGGAGGTGGAAGTAGTGGGCCATTGAGTATGGGCGGGATTGCAAATTATCAGGCGTCAGATGGATTAGTGGAGTTGAAAGTGGCTGTGGCAGGATTCATGTCTCAAGTCATGGAACGATCAATATCCTTTAACCCATCACAGATAGTCTTAACAGCTGGTGCAGCCCCTGCAATTGAGATCCTCAGTTTCTGCCTAGCAGATACTGGAAATGCATTTCTTGTTCCCACACCATACTATCCCAGTTTTGATAGGGATTTAAAATGGAGAACTGGGGTGGAGATAATTCCTGTTCCCTGTCGCAGTGCTGACAATTTCAATCTAAGTATAAGTGCTCTTGACTTAGCATTCGACCAGGGAAAGAAACGTGGTTTAAAAGTTCGGGGGATGGTAATTTCCAACCCCTCAAATCCTGTGGGCAATCGGCTTAATGGAGAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAATGTATAAAAAAGGTTCAATGGAAGAAAAAGTCAAGTTTTGGTGGGGTTTGAGATAG 5427 11.02 MNLHYHNFSSFYFIRKKSNDDIHLLPEAGRPQNQSPVTLSPIRHRQRAAATLSPCSGKRNPPHFHDSSASTAMTRSRPSEPDEDSGPTTTGGGGGRGRTEMRVIVPLQGVVQGRGGLVLGSVIPCALFYLLQLYFKRHRSEPTPPPQKLTEVSELNRSLSRTHLPARGSSAPACVSTRANSIVKSSDSPFYVGLKRVSEDPYDELSNPEGVIQLGLAENKLSLDLARDWLAENAKDWILSGGGSSGPLSMGGIANYQASDGLVELKVAVAGFMSQVMERSISFNPSQIVLTAGAAPAIEILSFCLADTGNAFLVPTPYYPSFDRDLKWRTGVEIIPVPCRSADNFNLSISALDLAFDQGKKRGLKVRGMVISNPSNPVGNRLNGETXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXAMYKKGSMEEKVKFWWGLR* 1809
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
2 4460707 4468028 + Vvi2g453 Vvi2g453 783152

Annotation

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Vvi2g453 1808 Pfam Aminotransferase class I and II 212 383 IPR004839 GO:0009058|GO:0030170
Vvi2g453 1808 Gene3D - 248 388 IPR015421 GO:0003824
Vvi2g453 1808 Gene3D Aspartate Aminotransferase, domain 1 174 240 IPR015422 GO:0003824
Vvi2g453 1808 MobiDBLite consensus disorder prediction 49 100 - -
Vvi2g453 1808 PANTHER AMINOTRANSFERASE ACS12-RELATED 97 386 - -
Vvi2g453 1808 SUPERFAMILY PLP-dependent transferases 187 383 IPR015424 -
Vvi2g453 1808 PANTHER BIFUNCTIONAL ASPARTATE AMINOTRANSFERASE AND GLUTAMATE/ASPARTATE-PREPHENATE AMINOTRANSFERASE-RELATED 97 386 - -
Vvi2g453 1808 PRINTS 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase signature 214 240 - -
Vvi2g453 1808 PRINTS 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase signature 287 307 - -
Vvi2g453 1808 PRINTS 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase signature 309 330 - -
Vvi2g453 1808 PRINTS 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase signature 363 387 - -
Vvi2g453 1808 MobiDBLite consensus disorder prediction 24 43 - -
       

Pathway

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Vvi2g453 K14270 ACS10_12; aminotransferase - vvi:100244464 588.956
       

WGDs- Genes

Select Gene_1 Gene_2 Event_name
Vvi2g453 Vvi16g513 ECH
       

Deco-Alignment

Select Vvi1 Blo1 Blo2 Bda1 Bda2 Bpe1 Bpe2 Bma1 Bma2 Cmo1 Cmo2 Cma1 Cma2 Car1 Car2 Sed1 Cpe1 Cpe2 Bhi1 Tan1 Cmetu1 Lac1 Hepe1 Mch1 Lcy1 Cla1 Cam1 Cec1 Cco1 Clacu1 Cmu1 Cre1 Cone1 Cone2 Cone3 Cone4 Lsi1 Csa1 Chy1 Cme1 Blo3 Blo4 Bda3 Bda4 Bpe3 Bpe4 Bma3 Bma4 Sed2 Cmo3 Cmo4 Cma3 Cma4 Car3 Car4 Cpe3 Cpe4 Bhi2 Tan2 Cmetu2 Lac2 Hepe2 Mch2 Lcy2 Cla2 Cam2 Cec2 Cco2 Clacu2 Cmu2 Cre2 Lsi2 Csa2 Chy2 Cme2
Vvi2g453 . . . . . . . . . . . Cma15g01179 . Car15g01067 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Csa05g00357 Chy09g01150 . Blo03g00382 . . . . Bpe11g00697 . . . . Cmo15g01239 . . . . . Cpe13g00195 Bhi12g00353 . . Lac11g2187 Hepe06g1617 . Lcy12g1741 Cla01g00335 Cam01g0348 Cec01g0344 Cco01g0356 Clacu01g0352 Cmu01g0332 Cre09g2178 Lsi09g00361 . . Cme09g01682
       

Syn-Orthogroups

Select Orthogroup Bda Bhi Blo Bma Bpe Cam Car Cco Cec Chy Cla Clacu Cma Cme Cmetu Cmo Cmu Cone Cpe Cre Csa HCH Hepe Lac Lcy Lsi Mch Sed Tan Vvi Total
OG0070025 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1