Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Vvi5g845 ATGGCGGGTTCCAAGGGGTGGACTTCCCTCTGCTCACTCCTGCTTTTTTTCCTCTTCGTCGCTGTGATGGCCAATGACCGAAATGGAGGAACAGAGCAGTTGCAGAGCTCAAACAACTCATCAATGGCTGCCAGGAATGAGCATGCAGTTGATGACCCAGATGCAGTGGCTTCAATGGTGGACATGAGCATTCGGAACAGCACAGAGAGAAGGAAATTAGGTTATTTCTCGTGTGGAACTGGTAATCCCATTGATGACTGCTGGCGATGTGACCACAATTGGCAAAAGAACCGTAAGCGCCTTGCAGACTGCGGCATTGGCTTTGGGCGAAATGCAATTGGGGGCCGTGATGGACGCTTCTATGTGGTCACTGACCCTGGTGATGATGATCCTGTCAACCCCAAGCCTGGCACTCTGCGCCATGCTGTCATCCAGGATGCTCCTCTCTGGATTGTGTTCAAGCGAGACATGGTGATCACACTGAAGCAGGAGCTCATCATGAACAGCTTCAAAACAATAGATGGGCGTGGGGTCAATGTCCACATTGCTAATGGAGCATGCATCACCGTCCAATTTGTCACGAATGTTATAATTCATGGTCTTCACATCCATGACTGCAAGCCCACTGGGAATGCCATGGTGAGGAGCTCACCAAGTCACTTTGGGTGGAGGACAATGGCCGATGGCGATGCCATTTCGATTTTTGGTTCAAGCCATATATGGGTCGATCACAATTCACTCTCTAGCTGTGCTGATGGCCTCGTTGATGCTGTCATGGGCTCGACTGCCATTACCATTTCCAACAACCACTTTGCCCACCACAATGAGGTGATGCTGTTGGGCCACAGTGATTCTTATGAAAGAGACAAGCAAATGCAAGTGACAATTGCCTATAACCATTTTGGAGAGGGTCTGATCCAGAGGATGCCAAGGTGCAGACATGGATATTTCCATGTGGTCAACAATGACTACACTCACTGGGAAATGTATGCTATTGGTGGAAGTGCAAGCCCCACCATCAACAGCCAGGGCAACAGATATCTTGCACCAGTCAATCCTTTTGCAAAAGAGGTGACAAAAAGGGTAGACACGCCTTCAGGCCAGTGGAAGGGTTGGAATTGGAGGTCAGAAGGAGACCTGCTGTTGAATGGAGCCTACTTCACCCCATCTGGTGCCGGTGCCTCAGCCAGCTATGCTAGAGCTTCAAGCTTGGGAGCCAAGTCCTCTTCCATGGTTGGCTCCATTACTTCCAATGCTGGTGCTCTCTCCTGCCGCAGGGGTTCCCAGTGCTAG 1293 50.5 MAGSKGWTSLCSLLLFFLFVAVMANDRNGGTEQLQSSNNSSMAARNEHAVDDPDAVASMVDMSIRNSTERRKLGYFSCGTGNPIDDCWRCDHNWQKNRKRLADCGIGFGRNAIGGRDGRFYVVTDPGDDDPVNPKPGTLRHAVIQDAPLWIVFKRDMVITLKQELIMNSFKTIDGRGVNVHIANGACITVQFVTNVIIHGLHIHDCKPTGNAMVRSSPSHFGWRTMADGDAISIFGSSHIWVDHNSLSSCADGLVDAVMGSTAITISNNHFAHHNEVMLLGHSDSYERDKQMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSASPTINSQGNRYLAPVNPFAKEVTKRVDTPSGQWKGWNWRSEGDLLLNGAYFTPSGAGASASYARASSLGAKSSSMVGSITSNAGALSCRRGSQC* 431
       

Gff information

Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
5 11376714 11380856 - Vvi5g845 Vvi5g845 786987
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Vvi5g845 430 Pfam Pectate lyase 164 345 IPR002022 -
Vvi5g845 430 PANTHER PECTATE LYASE 37 427 - -
Vvi5g845 430 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 59 425 IPR011050 -
Vvi5g845 430 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 37 427 IPR045032 GO:0030570
Vvi5g845 430 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 104 121 IPR018082 -
Vvi5g845 430 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 128 153 IPR018082 -
Vvi5g845 430 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 164 180 IPR018082 -
Vvi5g845 430 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 228 249 IPR018082 -
Vvi5g845 430 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 308 327 IPR018082 -
Vvi5g845 430 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 330 349 IPR018082 -
Vvi5g845 430 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 372 396 IPR018082 -
Vvi5g845 430 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 401 424 IPR018082 -
Vvi5g845 430 SMART amb_all 156 353 IPR002022 -
Vvi5g845 430 Gene3D - 81 423 IPR012334 -
       

Event-related genes

Select Gene_1 Gene_2 Event_name
Vvi5g845 Vvi7g706 ECH
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Vvi5g845 K01728 - vvi:100232902 873.618