Doc-Alignment

  Inter-genomic and intra-genomic comparisons can help reveal the structural complexity of Cucurbitales genomes. We used V.vinifera as a reference, and by comparing homologous gene locus maps and Ks values between V.vinifera and other Cucurbitales, we could separate orthologous and paralogous genes produced by different polyploidization in the species genomes. We created a hierarchical lists of homologous genes using V.vinifera as a reference.
  The relevant gene ids can be obtained from the Cucurbitales blast and match under the Tools module. This link is Cucurbitales blast and match.

Orthogroup analysis platform
Valid last name is required.
    
Valid last name is required.
Select Vvi1 Blo1 Blo2 Bda1 Bda2 Bpe1 Bpe2 Bma1 Bma2 Cmo1 Cmo2 Cma1 Cma2 Car1 Car2 Sed1 Cpe1 Cpe2 Bhi1 Tan1 Cmetu1 Lac1 Hepe1 Mch1 Lcy1 Cla1 Cam1 Cec1 Cco1 Clacu1 Cmu1 Cre1 Cone1 Cone2 Cone3 Cone4 Lsi1 Csa1 Chy1 Cme1 Blo3 Blo4 Bda3 Bda4 Bpe3 Bpe4 Bma3 Bma4 Sed2 Cmo3 Cmo4 Cma3 Cma4 Car3 Car4 Cpe3 Cpe4 Bhi2 Tan2 Cmetu2 Lac2 Hepe2 Mch2 Lcy2 Cla2 Cam2 Cec2 Cco2 Clacu2 Cmu2 Cre2 Lsi2 Csa2 Chy2 Cme2
Vvi3g256 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g257 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g258 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g259 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g260 . . . . . . . . . . . . . . . Cpe04g00619 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g261 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g262 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Blo04g00597 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g263 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g264 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g265 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Cone12ag1299 . . . . . . . Blo04g00596 . . . . . Bma03g00626 Bma08g00729 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
   
Previous Page 264 of 2365 Next

Gene_GFF

Select Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
4 5126844 5128839 - BLOR13508 Blo04g00596 596
4 5132924 5133337 - BLOR13509 Blo04g00597 597
3 5155788 5157450 - Bma016917.1 Bma03g00626 626
8 43122069 43123845 + Bma028093.1 Bma08g00729 729
12 9875045 9877742 + Conep12aG0134000.1 Cone12ag1299 1299
4 6412373 6412822 - Cp4.1LG04g04620.1 Cpe04g00619 619
3 2508655 2513056 + Vvi3g256 Vvi3g256 256
3 2513556 2515422 + Vvi3g257 Vvi3g257 257
3 2518585 2519032 + Vvi3g258 Vvi3g258 258
3 2520297 2524597 + Vvi3g259 Vvi3g259 259
3 2525430 2527246 - Vvi3g260 Vvi3g260 260
3 2528388 2528867 + Vvi3g261 Vvi3g261 261
3 2530530 2532361 + Vvi3g262 Vvi3g262 262
3 2533265 2533712 - Vvi3g263 Vvi3g263 263
3 2536205 2541814 + Vvi3g264 Vvi3g264 264
3 2545278 2548986 + Vvi3g265 Vvi3g265 265
       

DecoBrowse